น้ำท่วมอาจมีสิ่งปนเปื้อนจากสิ่งสกปรกที่มาจากน้ำเสียหรือสารเคมี การสัมผัสน้ำโดยตรงอาจทำให้เกิดการติดเชื้อได้ง่าย การสวมรองเท้าบูทช่วยลดการสัมผัสโดยตรงกับน้ำและสิ่งสกปรก และยังช่วยป้องกันอันตรายจากเศษของมีคมที่ซ่อนอยู่ใต้น้ำ
ล้างมือด้วยสบู่และน้ำสะอาดหลังจากสัมผัสน้ำท่วม หรือใช้แอลกอฮอล์เจลทำความสะอาดมือหากไม่มีน้ำสะอาด การล้างมือเป็นวิธีการป้องกันเชื้อโรคที่ดีที่สุดและลดความเสี่ยงจากโรคติดเชื้อในระบบทางเดินอาหาร
ในช่วงน้ำท่วม น้ำสะอาดอาจหาได้ยาก จึงควรต้มน้ำให้เดือดก่อนดื่ม นอกจากนี้ควรหลีกเลี่ยงการบริโภคอาหารที่อาจปนเปื้อน และควรเก็บอาหารในภาชนะที่มิดชิดและสะอาดเพื่อป้องกันแมลงและสัตว์ต่างๆ
น้ำท่วมที่นิ่งนานเป็นแหล่งสะสมเชื้อโรค เช่น โรคฉี่หนู ที่มาจากปัสสาวะสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม การเดินลุยน้ำท่วมในบริเวณที่มีน้ำขังเป็นเวลานานจะเพิ่มความเสี่ยงในการติดเชื้อ จึงควรหลีกเลี่ยงหากไม่จำเป็น
ยุงเป็นพาหะของโรคหลายชนิด เช่น ไข้เลือดออกและมาลาเรีย ในช่วงน้ำท่วมจะมีแหล่งน้ำขังที่เป็นแหล่งเพาะพันธุ์ของยุง ควรฉีดสเปรย์กันยุงหรือใช้มุ้งคลุมเวลาอยู่ในพื้นที่ที่มีความเสี่ยง
หากมีอาการผิดปกติหลังจากสัมผัสน้ำท่วม เช่น มีไข้สูง เจ็บกล้ามเนื้อ หรือมีบาดแผลที่ติดเชื้อ ควรรีบไปพบแพทย์เพื่อทำการวินิจฉัยและรักษาอย่างทันท่วงที โรคฉี่หนูและโรคติดเชื้ออื่นๆ ในช่วงน้ำท่วมอาจรุนแรงหากไม่ได้รับการรักษาอย่างถูกต้องและทันเวลา
หากน้ำเข้าท่วมภายในบ้าน ควรทำความสะอาดและฆ่าเชื้อให้ทั่วบริเวณ เพื่อป้องกันการสะสมของเชื้อโรค นอกจากนี้ การกำจัดขยะและการระบายอากาศที่ดีจะช่วยลดความเสี่ยงในการเกิดโรค