ขณะที่ประเทศไทยใช้วิธีการแพทย์แบบที่เรียกว่าการแพทย์แผนโบราณอยู่นั้นการแพทย์ฝ่ายประเทศทางตะวันตกโดยอาศัยหลักฐานทางวิทยาศาสตร์ได้เจริญก้าวหน้าไปมาก ฉะนั้นเมื่อประเทศไทยได้มีการติดต่อกับชาวต่างประเทศโดยเฉพาะชาวยุโรป ตั้งแต่ พ.ศ. ๒๐๕๔ (ค.ศ. ๑๕๑๑) ในแผ่นดินสมเด็จพระรามาธิบดีที่ ๒ พวกแรกที่เข้ามาก็คือพวกโปรตุเกสได้ทำสัญญาทางพระราชไมตรีฉบับแรกขึ้นใน พ.ศ. ๒๐๕๙ (ขจร สุขพานิช ๒๕๑๐) จากต้นฉบับภาษาสเปน ปรากฏว่า (เดโช อุตตรนที พ.ศ. ๒๕๑๐) นอกจากจะมีการติดต่อทางทูตแล้วได้มีชาวโปรตุเกส ๓๐๐ คน เข้ามาเป็นทหารรักษาพระองค์ต่อมาก็มีบาทหลวงมาเผยแผ่ศาสนานอกจากบาทหลวงโปรตุเกสแล้วก็มีบาทหลวงสเปนเข้ามาสร้างวัดโบสถ์ของคณะโดมินิกันมีชื่อว่าซันโตโดมิงโกและของคณะเยซูอิดมีชื่อว่าซันโตเปาโลนอกจากการติดต่อครั้งนี้แล้วประเทศไทยยังได้มีการติดต่อกับชาติตะวันตกอื่น ๆ อีก เช่น ฮอลันดา อังกฤษและฝรั่งเศส ดังปรากฏในบทความของเฟอร์เนา เมเดส ปินโต (Fernao Medes Pinto)
สำหรับแพทย์แผนปัจจุบันนั้นต้องยอมรับกันว่าในช่วงระยะเวลาดังกล่าว คือ ตั้งแต่ชาวโปรตุเกสเข้ามา (พ.ศ.๒๐๕๔) จนกระทั่งมีนายแพทย์โปรตุเกสเข้ามาเมื่อ พ.ศ.๒๐๘๐ จนสิ้นรัชสมัยของสมเด็จพระนารายณ์มหาราช (พ.ศ.๒๒๓๑) นั้นประเทศไทยได้รับความรู้วิชาการแพทย์แผนปัจจุบันจากชาวตะวันตกที่เข้ามาติดต่อค้าขายและเผยแผ่คริสต์ศาสนาทั้งสิ้นเพราะขณะนั้นการแพทย์แผนปัจจุบันในประเทศทางทวีปยุโรปได้เจริญก้าวหน้าไปมากเป็นของแน่ชัดว่าจะต้องมีแพทย์หรือผู้มีความรู้การแพทย์แผนปัจจุบันเข้ามากับคณะต่าง ๆ เพื่อรักษาพยาบาลบุคคลในคณะของเขาและเมื่อมีการนำคริสต์ศาสนาออกเที่ยวสั่งสอนประชาชนวิธีการตรวจรักษาและยาก็คงได้ใช้แพร่หลายไปในหมู่ประชาชนด้วยแม้ในราชสำนักของสมเด็จพระนารายณ์ก็มีแพทย์หลวงเป็น ๒ พวก พวกหนึ่งเป็นแพทย์หลวงฝ่ายยาไทยอีกพวกหนึ่งเป็นแพทย์หลวงฝ่ายยาฝรั่งดังหลักฐานที่ปรากฏในหนังสือ "ตำราพระโอสถ พระนารายณ์" ที่แพทย์หลวงได้ประกอบขึ้นยาที่แพทย์หลวง ฝ่ายฝรั่งได้ประกอบขึ้นทูลเกล้าฯ ถวายเป็นยาขนานที่ ๒๒ มีว่า
ยาขนานที่ ๒๒ ยาแก้ขัดปัสสาวะให้เอาใบกะเพราเต็มกำมือหนึ่งดินประสิวขาวหนัก ๒ สลึง บดให้ละเอียดเอาใบชาต้มเป็นกระสายละลายถวายสมเด็จพระพุทธเจ้าหลวงนิพพานท้ายสระ (พระองค์นี้ สมเด็จกรมพระยาดำรงราชานุภาพครั้งทรงดำรงตำแหน่งสภานายกหอพระสมุดวชิรญาณทรงเข้าพระทัยว่า คือ สมเด็จพระเพทราชา) ให้เสวย เมื่อเสวยพระโอสถแล้วกราบทูลให้เสวยพระสุธารสชา ตามเข้าภายหลังอีก ๒ ที ๓ ที ซึ่งขัดปัสสาวะนั้น ไปพระบังคลเบาสะดวก
ข้าพระพุทธเจ้านายแพทย์โอสถฝรั่งประกอบทูลเกล้าถวายได้พระราชทานเงินตราชั่ง ๑
นอกจากนั้นสมเด็จพระนารายณ์มหาราชยังโปรดให้หมอฝรั่งประกอบยาขึ้นทูลเกล้าฯ ถวายด้วยดังยาขนานที่ ๗๙ มีว่า
ยาขนานที่ ๗๙ ขนานหนึ่งให้เอาพิมเสน ๒ สลึง การบูร ๓ สลึง มาตะกี ๕ สลึง ชันตะเคียน กำยานสิ่งละ ๗ สลึง ขี้ผึ้งขาว ๑๐ ตำลึง น้ำมันมะพร้าวคั้นใหม่ดีนั้นครึ่งทนานเคี่ยวขึ้นด้วยกันให้สุกแล้วกรองกากออกเสียเอาไว้ให้เย็นจึงเอาไข่ไก่เอาแต่ไข่ ขาว ๒ ลูก เอาสุรากลั่นประมาณจอกหนึ่งกวนกับไข่ให้สบกันดีแล้วจึงแบ่งออกให้เป็น ๓ ภาค ๆหนึ่งนั้นเอาน้ำตะแลงไข้ ๓ สลึง การบูร ๓ สลึง กวนเข้าด้วยกันให้สบดีแล้วเป็นสีผึ้งแดงจึงเอาสีผึ้งขาวภาคหนึ่งมากวนด้วยจุนสีพอสมควรเป็นสีผึ้งเขียวภาคหนึ่งเป็นสีผึ้งขาวปิดแก้พิษแสบร้อนให้เย็น
ข้าพระพุทธเจ้าเมลีหมอฝรั่งประกอบทูลเกล้าฯ ถวายสำหรับปิดฝีเปื่อยเน่าบาดเจ็บใหญ่น้อยให้ดูดบุพโพกัดเนื้อเรียกเนื้อด้วยสีผึ้งเขียวใช้กัด สีผึ้งแดงเรียกเนื้อ สีผึ้งขาวแก้พิษ เลือกใช้เอาเถิดฯ
นอกจากตำรับยาทั้งสองขนานนั้นแล้วมีบันทึกที่น่าสนใจอีกเล่มหนึ่ง คือ บันทึกของเชวาเลียร์ เดอ ฟอร์แบง (Chevalier De Forbin) ท่านผู้นี้ได้เดินทางมาประเทศไทยในคณะทูตชุดแรกของพระเจ้าหลุยส์ที่ ๑๔ เมื่อพ.ศ. ๒๒๒๘ แต่เมื่อคณะทูตกลับสมเด็จพระนารายณ์ได้ทรงขอตัวและนายช่าง ๑ นาย ไว้ใช้ในราชการของกรุงศรีอยุธยาภายหลังได้รับบรรดาศักดิ์เป็น "ออกพระศักดิ์สงคราม" อยู่ในเมืองไทยได้ ๒ ปีก็หนีกลับประเทศฝรั่งเศส เพราะเกิดผิดใจกับเจ้าพระยาวิชาเยนทร์ เดอ ฟอร์แบง ได้บันทึกไว้ว่าตอนเกิดขบถมักกะสันพวกขบถบางส่วนที่ล่องเรือผ่านป้อมบางกอกจะออกแม่น้ำเจ้าพระยาเกิดสู้รบกับทหารที่ประจำอยู่ที่ป้อมแม้พวกขบถจะมีกริชก็สามารถฆ่าทหารและชาวบ้านล้มตายเป็นอันมากผู้ช่วยคนหนึ่งของเดอ ฟอร์แบง ชื่อ โปเรอะคาร์ หน้าท้องถูกแทงไส้พุงและกระเพาะอาหารทะลักออกมาข้างนอกห้อยอยู่ที่ตะโพก เดอ ฟอร์แบง ขณะนั้น ไม่มีทั้งยาและแพทย์ได้เอาไหมมาสนเข็มเข้าสองเล่มแล้วยกไส้พุงและกระเพาะอาหารกลับเข้าไปในช่องท้องเย็บแผลด้วยไหมตามวิธีที่เคยเห็นมาแล้วใช้ไข่ขาวตีผสมกับเหล้าล้างที่แผลทำอยู่ ๑๐ วัน โปเรอะคาร์ก็รอดชีวิตเรื่องนี้ถ้าดูในประวัติการแพทย์ของยุโรปซึ่งจะได้กล่าวถึงต่อไปคงเป็นเรื่องจริงเพราะเดอ ฟอร์แบงเป็นทหารย่อมเคยเห็นบาดแผลและการรักษาในสนามรบจึงนำวิธีมาใช้แม้จะไม่เคยได้รับการฝึกฝนมาในทางวิชาแพทย์แสดงว่าวิชาการทุกอย่างได้นำเข้ามาใช้ในประเทศไทยรวมทั้งวิชาการแพทย์ของชาวยุโรปด้วย
การแพทย์แผนโบราณของไทยในสมัยกรุงศรีอยุธยาจะเป็นอย่างไรน่าจะได้อาศัยสายตาของชาวต่างประเทศซึ่งได้เห็นการแพทย์แผนปัจจุบันมาบ้างแล้วคงดีกว่าความเห็นของคนไทยเองเพราะนอกจากจะไม่มีบันทึกใดไว้เป็นหลักฐานที่จะช่วยการวินิจฉัยแล้วผู้เขียนเองก็ขอยอมรับว่ารู้เรื่องของการแพทย์แผนโบราณน้อยมากและมองดูการแพทย์แผนโบราณของไทยจากสายตาของผู้ที่ได้เรียนมาในทางแพทย์แผนปัจจุบันเท่านั้น
โรคภัยไข้เจ็บและวิธีรักษาจะเป็นอย่างไรนั้นได้อาศัยจดหมายเหตุของ ลา ลูแบร์ (De la Leubere) เอกอัครราชทูตของพระเจ้าหลุยส์ที่ ๑๔ ที่เคยมาประเทศไทยเมื่อ พ.ศ. ๒๒๓๐ อยู่ในประเทศไทย ๓ เดือนก็กลับออกไปจากฉบับภาษาอังกฤษที่แปลจากฉบับภาษาฝรั่งเศสกรมพระนราธิปประพันธ์พงศ์ทรงแปลเป็นภาษาไทยเกี่ยวกับโรคาพยาธิ ได้มีบันทึกไว้ว่ามีโรคป่วงและโรคบิดเป็นโรคที่ร้ายแรงที่สุดมีไข้กำเดาและกลายเป็นไข้หวัด ชัก สมองมึน ทั้งท้องเสียมีไข้จับสั่นแต่ไม่ร้ายแรงเท่าที่แหล่งอื่น ๆ ถ้ามีอาการคลั่งเพ้อจึงจะเรียกว่าไข้พิษ นอกนั้นมีโรคระบาดทรพิษ บาดทะยักต่าง ๆ โรคลมจับ โรคอัมพาต มีโรคคุดทะราด เข้าข้อ กามโรค โรคผิวหนัง แผลเปื่อย ค่อนข้างชุกชุม ๑๙ ใน ๒๐ ต้องเคยเป็นมีโรคจิตค่อนข้างชุมโรคที่เรียกในภาษาไทยนี้ไม่อาจยืนยันได้ว่าจะตรงกับชื่อโรคอะไรในภาษาอังกฤษที่พอจะอธิบายได้ตามโรคแผนปัจจุบันเพราะไม่มีฉบับภาษาอังกฤษที่จะใช้เปรียบเทียบได้
โรคห่าที่ทำลายชีวิตคนมาก ๆ คือ ไข้ทรพิษไม่ใช่กาฬโรค เช่น ในต่างประเทศผู้ที่ตายด้วยไข้ทรพิษจะนำไปฝังไว้ถึง ๓ ปี จึงจะขุดขึ้นเผา
แพทย์ที่ให้การรักษามีทั้งหมอไทย หมอจีนและหมอมอญ สมเด็จพระนารายณ์โปรดให้ครูสอนศาสนาคริสต์ ชื่อ ปูมาต์ เข้ารับราชการในกรมแพทย์หลวงทรงไว้วางพระหฤทัย มากหมอหลวงอื่น ๆ ต้องรายงานพระอาการให้หมอฝรั่งผู้นี้ทราบและรับพระโอสถที่หมอฝรั่งปรุงขึ้นไปถวาย ลา ลูแบร์ ตำหนิหมอไทยว่าไม่รู้อวัยวะภายในของร่างกายต้องพึ่งฝรั่งการผ่าศพไม่ยอมทำเด็ดขาดแม้แต่การผ่าสัตว์ก็ไม่ทำกันนอกจากจะผ่าเพื่อหาก้อนเนื้อที่เชื่อว่าคนไข้ถูกคุณจึงไม่สามารถทำได้แม้แต่การห้ามเลือดในรายที่เป็นบาดแผลการใช้ยาก็ไม่มีการทดลองเคยเรียนรู้มาอย่างไรก็ใช้กันไปอย่างนั้นใช้พวกยาชโลมมากทั้ง ๆ ขณะจับไข้และไข้หายแล้วและยาที่ใช้ก็มีรสเผ็ดร้อนมากยาระบายใช้มาก หมอไทยรู้จักวิธีเข้ากระโจมทำให้เหงื่อตก ลา ลูแบร์ได้บันทึกที่สำคัญไว้ว่า "หมอฝรั่งสอนให้หมอฝ่ายตะวันออกใช้ยาควินนาเป็นขึ้นก็มาก" ข้อความประโยชน์นี้เป็นการยืนยันได้ว่านอกจากแพทย์ที่มากับกองทหารและกองทูตแล้วเรือที่เข้ามายังบรรทุกยาเข้ามาใช้ในระหว่างพวกของตนแล้วยังนำยาบางชนิดเข้ามาเผยแผ่ด้วย