อาหารธรรมชาติของปลาแบ่งออกเป็น ๓ พวกด้วยกัน คือ
(๑) อาหารหลัก คือ อาหารธรรมชาติที่ปลาต้องการภายใต้สภาวะที่เหมาะสมและมีชีวิตอยู่ได้ดีที่สุด
(๒) อาหารที่ปลากินในบางโอกาส คือ อาหารธรรมชาติที่มีลักษณะคล้ายคลึงกันที่มีอยู่ในบ่อ
(๓) อาหารยามฉุกเฉิน คือ อาหารที่ปลากินเมื่อขาดอาหารที่ต้องการและอาหารที่กินเข้าไปก็เพื่อความอยู่รอดเท่านั้น
แพลงก์ตอนสัตว์ที่ประกอบด้วยกุ้งปูขนาดเล็กและโรทิเฟอร์เป็นอาหารหลักของลูกปลาขนาด ๑๕-๒๐ มิลลิเมตร แต่พวกแพลงก์ตอนพืชขนาดเล็กเป็นอาหารยามฉุกเฉินของลูกปลาขนาดดังกล่าวลูกปลาซึ่งมีลำไส้เล็ก สั้นและเป็นเส้นตรงสามารถย่อยแพลงก์ตอนสัตว์พวกโรทิเฟอร์ได้แต่แพลงก์ตอนพืชค่อนข้างย่อยยากพวกสาหร่ายและสาหร่ายสีเขียวชนิดเส้นที่ไม่ย่อยจะสังเกตได้จากมูลของปลาที่ถ่ายออกมา
ความรู้ในเรื่องวัฏจักรชีววิทยาในบ่อปลาเป็นพื้นฐานในการเพาะเลี้ยงปลาการเริ่มของวัฏจักรคือ พืชสีเขียวจะเปลี่ยนอนินทรียสารรวมทั้งกรดคาร์บอนิกและแร่ธาตุต่าง ๆ ในน้ำให้เป็นอินทรียสารในรูปของเนื้อเยื่อพืชโดยอาศัยพลังงานจากแสงแดดพืชเหล่านี้ได้แก่ พืชชั้นต่ำและพวกแพลงก์ตอนพืชรวมทั้งแพลงก์ตอนสัตว์ซึ่งจะเป็นอาหารของสัตว์ขนาดเล็กและจะกลายเป็นอาหารของสัตว์ขนาดที่โตกว่าทั้งพืชและสัตว์ดังกล่าวก็จะกลายเป็นอาหารของปลาต่อไป
ชนิดของสัตว์น้ำที่มีคุณค่าทางอาหารสำหรับปลาซึ่งเกิดในบ่อปลาตามธรรมชาติประกอบด้วยกลุ่มของสัตว์ต่าง ๆ คือ
๑. โรติเฟอร์
มีขนาดเล็กมาก มีความยาว ๑/๕๐–๒ มิลลิเมตร มีชีวิตอยู่ได้ไม่เกิน ๒–๓ สัปดาห์ แต่จะเกิดใหม่ทดแทนพบปะปนอยู่กับแพลงก์ตอนและพบตามหน้าดินโดยเฉพาะในที่ซึ่งมีพืชมากลูกปลาและปลาเล็กกินโรติเฟอร์เป็นอาหาร
๒. ตัวหนอน
มีตัวหนอนอยู่ ๒–๓ ชนิด ที่เป็นอาหารสำคัญของปลาที่พบมากได้แก่ ไส้เดือน ไส้เดือนมีขนาดตั้งแต่เล็กมีความยาว ๘–๑๕ มิลลิเมตร ไปจนถึง ๓๐ เซนติเมตร ในโคลนก้นบ่อที่มีอินทรียสารสูงจะเป็นที่อยู่อาศัยของกลุ่มทูบิเฟกซ์ (tubifex) ซึ่งเป็นตัวหนอนสีแดงมีความยาว ๒๕–๘๕ มิลลิเมตร มีเส้นผ่านศูนย์กลาง ๑ มิลลิเมตร หนอนนี้จะขับเมือกผสมกับดินโคลนทำเปลือกห่อหุ้มตัวทำให้มีน้ำหนักจมลงสู่ก้นบ่อและยื่นส่วนหน้าของลำตัวออกมาแกว่งไกวเหนือพื้น
๓. หอย
ส่วนใหญ่อาศัยระหว่างพืชน้ำหรือตามก้นบ่อกินพวกพืชและเศษเน่าเปื่อยเป็นอาหารในบ่อเลี้ยงปลามักจะพบหอยฝาเดียว เช่น หอยขมและหอย ๒ ฝา เช่น หอย กาบ ปลาที่กินหอยเป็นอาหาร ได้แก่ ปลาตะโกก ปลาเฉาดำ
๔. พวกกุ้ง ปู (crustaceans)
เป็นพวกที่มีความสำคัญที่สุดในแง่ที่เป็นอาหารปลาพวกกุ้งและปูชั้นต่ำเป็นอาหารหลักของลูกปลา ปลาวัยอ่อนและเป็นอาหารหลักของปลาที่กินแพลงก์ตอนเป็นอาหาร พวกกุ้งและปูชั้นสูงเป็นอาหารของปลาใหญ่
พวกกุ้งและปูชั้นต่ำอาศัยอยู่ตามพื้นก้นบ่ออยู่ระหว่างพืชน้ำพวกที่พบมากและมีความสำคัญในแง่เป็นอาหารปลา ได้แก่ กุ้งซึ่งมีขนาดเล็กมีความยาว ๑/๔ถึง ๓ มิลลิเมตร ซึ่งเราเรียกรวม ๆ ไปว่าไรน้ำพวกนี้จะเกิดขึ้นเมื่อใส่ปุ๋ยอินทรีย์
พวกออสตราคอดมีเปลือกใส ๒ ฝา ห่อหุ้มตัวคล้ายหอยกาบมีขนาดความยาว ๐.๕–๒.๕ มิลลิเมตร อาศัยอยู่ตามพื้นก้นบ่อสกุลที่พบได้แก่ ไซปริส (Cypris)
พวกโคพีพอดมีขนาดความยาวไม่เกิน ๕ มิลลิเมตร อาศัยอยู่ตามชายตลิ่งหรือผิวน้ำที่พบเสมอ ได้แก่ สกุลไซคลอปส์ (Cyclops)
ในพวกมาลาคอสตราคา (malacostraca) ซึ่งเป็นพวกกุ้งและปูชั้นสูงที่พบในบ่อสม่ำเสมอ ได้แก่ กุ้งฝอยหรือกุ้งน้ำจืดขนาดเล็ก
๕. แมลง
เป็นส่วนสำคัญของอาหารปลาที่เลี้ยงในบ่อปลาจะกินตัวอ่อนของแมลงเป็นอาหารในบรรดาแมลงด้วยกันตัวอ่อนของพวกเมย์ไฟลส์ (may flies) และพวกหนอนแดงมีความสำคัญในแง่เป็นอาหารมากที่สุดหนอนแดงมีรูปร่างป้อมทรงกระบอกมีขนาดความยาว ๒–๒๐ มิลลิเมตร อาศัยอยู่ในเกราะหุ้มตัวอยู่ตามพื้นก้นบ่อ
ปลาที่เลี้ยงในบ่อ เช่น ปลาไน ปลาตีลาเบีย อาหารธรรมชาติในบ่อมีส่วนสำคัญในการเจริญเติบโตปลาไนที่เลี้ยงในบ่อกินอาหารธรรมชาติประมาณร้อยละ ๕๐ และกินอาหารสมทบประมาณร้อยละ ๕๐ และปลาตีลาเบียกินอาหารธรรมชาติในบ่อประมาณร้อยละ ๑๐ ฉะนั้น จะเห็นได้ว่าในบ่อที่ขาดความอุดมสมบูรณ์ผลผลิตของปลาจะต่ำลงแต่ถ้าหากใส่ปุ๋ยจะทำให้ผลผลิตสูงขึ้นอาหารธรรมชาติในบ่อเป็นอาหารที่เสริมสร้างการเจริญเติบโตให้แก่ปลาจากการทดลองพบว่าการเติมไรน้ำและตัวอ่อนของแมลงไปในอาหารสมทบเพียงเล็กน้อยทำให้ปลาเจริญเติบโตเห็นได้ชัดซึ่งแสดงว่าในสัตว์ดังกล่าวมีสารที่ช่วยในการเจริญเติบโต
อาหารธรรมชาติซึ่งเกิดขึ้นในบ่อมีโปรตีนสูงสาหร่ายที่เกิดในบ่อน้ำกร่อยที่เลี้ยงปลานวลจันทร์ทะเลมีโปรตีนร้อยละ ๑–๑.๖ พวกตัวอ่อนของแมลงพวกไรน้ำล้วนแต่มีโปรตีนสูงทั้งสิ้นกล่าวคือมีโปรตีนร้อยละ ๖.๘–๑๑.๘