อาหารที่ปลากินเข้าไปใช้สำหรับเสริมสร้างร่างกายให้เจริญเติบโตและแข็งแรงส่วนที่เหลือใช้ปลาจะเก็บไว้ในรูปของไขมันอาหารที่ใช้สำหรับเสริมสร้างร่างกายมีความสำคัญ เป็นอันดับแรกหากอาหารสำหรับเสริมสร้างร่างกายไม่พอเพียงการเจริญเติบโตก็จะมีไม่ได้ฉะนั้นจึงเห็นได้ว่าการเลี้ยงปลานั้นเราต้องการให้ปลาอยู่สงบเงียบหากปลาถูกรบกวนหรือตกใจใช้กำลังงานมากขึ้นนั่นย่อมหมายความว่าปลาต้องใช้อาหารในการเสริมสร้างร่างกายเพิ่มขึ้นและมีอาหารสำหรับการเจริญเติบโตน้อยลง
อาหารของปลาแตกต่างกันไปตามอายุกล่าวคือระยะแรกภายหลังจากที่ฟักออกจากไข่ลูกปลาจะยังไม่กินอาหารแต่จะใช้อาหารจากถุงไข่ที่ติดมากับตัวระยะเวลาการใช้ อาหารในถุงไข่จะช้าหรือเร็ว ขึ้นอยู่กับอุณหภูมิของน้ำระยะที่ ๒ เป็นระยะที่ลูกปลาจะเริ่มกินอาหารก่อนที่อาหารในถุงไข่จะใช้หมดไปลูกปลาในระยะนี้ทุกชนิดกินอาหารคล้ายกัน คือ กินแพลงก์ตอนพืชและแพลงก์ตอนสัตว์ เช่น ไรน้ำและสาหร่ายขนาดเล็กตามด้วยลูกกุ้ง ปู ตัวอ่อนแมลง หนอนแดงและระยะที่ปลาโตเต็มวัยปลาจะเปลี่ยนมากินอาหารตามชนิดที่ต้องการกล่าวคือ กินพืช กินเนื้อ กินทั้งพืชและสัตว์หรือกินแพลงก์ตอ และเศษเน่าเปื่อยของพืชและสัตว์
ปลาที่นำมาเลี้ยงส่วนใหญ่กินอาหารไม่เลือกนิสัยการกินอาหารของปลาใหญ่จะแตกต่างกันไปตามปริมาณและชนิดของอาหารที่มีอยู่ในสภาวะแวดล้อมนั้น ๆ และอาจเปลี่ยนแปลงไปตามฤดูกาลซึ่งขึ้นอยู่กับความสมบูรณ์ของอาหารที่มีอยู่ ณ ที่นั้นนิสัยการกินอาหารของปลาแต่ละชนิดขึ้นอยู่กับความสามารถทางสรีรวิทยาที่เสาะหาอาหาร ลักษณะดังกล่าวจะเห็นได้ชัดในพวกปลากินเนื้อซึ่งมีปากตรงมีฟันที่จะจับอาหารและกลืนกินโดยไม่ขบเคี้ยวส่วนปลาที่ไม่กินเนื้อ เช่น ปลาไน มีปากกว้างทำการขุดคุ้ยอาหาร และทำให้ละเอียดก่อนกลืนกิน
ปลาแต่ละชนิดจะหาอาหารที่มีอยู่ตามแหล่งชั้นน้ำต่าง ๆ กันกล่าวคือ
(๑) ปลาที่หากินผิวน้ำ เช่น ปลาลิ่น
(๒) ปลาที่หากินกลางน้ำ เช่น ปลาช่อน
(๓) ปลาที่หากินตามพื้นที่ก้นบ่อ เช่น ปลาดุกด้าน ปลาพวกนี้มักจะพบโคลนตมเศษเน่าเปื่อยของอินทรียสารอยู่ในกระเพาะอาหาร
ระบบการย่อยอาหารของปลาประกอบด้วยอวัยวะส่วนต่าง ๆ เช่น เดียวกับสัตว์มีกระดูกสันหลังชั้นสูงซึ่งประกอบด้วย
๑. ปาก
อยู่ตอนหน้าสุดของหัวปากอาจแหงนขึ้นอยู่กี่งกลางหรือต่ำลงซึ่งแสดงถึงลักษณะการกินอาหารภายในปากประกอบด้วยคอหอยทั้งสองข้างของคอหอยมีช่องเปิดของส่วนเหงือก ตัวเหงือกประกอบด้วยก้านเหงือกและเส้นเหงือกทำหน้าที่ในการหายใจก้านเหงือกจะมีส่วนยื่นเป็นหนามเรียกว่าซี่เหงือกซึ่งมีจำนวนมากน้อยตามชนิดของปลาทำหน้าที่กรองอาหารที่ติดมากับน้ำเข้าสู่คอหอยปลากินเนื้อจะมีซี่เหงือกห่างส่วนปลากินแพลงก์ตอนจะมีซี่เหงือกละเอียดภายในปากจะมีฟันติดบนขากรรไกรและมีฟันที่ลิ้นมีขนาดค่อนข้างเล็กและเคลื่อนไหวได้เล็กน้อยนอกจากนั้นยังมีฟันบนเพดานปากฟันเหล่านี้ไม่มีรากหลุดได้ง่ายและเกิดทดแทนได้ฟันของปลากินเนื้อไม่ได้ใช้สำหรับขบเคี้ยว แต่ใช้สำหรับจับอาหาร
ปลาในครอบครัวปลาตะเพียนซึ่งเป็นปลากินพืชไม่มีฟันในปากแต่มีฟันในคอหอยซึ่งมีขนาดใหญ่แข็งแรงอาจมีแถวเดียวหรือหลายแถวใช้สำหรับบดและตัดอาหารก่อนส่งเข้าสู่กระเพาะ
๒. กระเพาะอาหาร
กระเพาะอาหารของปลาขยายตัวได้ง่ายจึงช่วยให้ปลากินอาหารได้มาก เช่น ปลาประเภทกินเนื้อเป็นปลาที่มีกระเพาะอาหารแต่มีลำไส้สั้นส่วนปลาประเภทไม่กินเนื้อ เช่น ปลาไนซึ่งเป็นปลาที่ไม่เลือกกินอาหารไม่มีกระเพาะอาหารแต่มีลำไส้ยาว
๓. ลำไส้
สำไส้ของปลาค่อนข้างสั้นเมื่อเปรียบเทียบกับสัตว์มีกระดูกสันหลังอื่น ๆ ปลากินเนื้อมีการย่อยอาหารที่เริ่มตั้งแต่กระเพาะและสิ้นสุดในลำไส้ ทำให้ปลาย่อยอาหารได้ดีและช่วยให้ปลากินอาหารได้มากเท่าที่มันจะกินเข้าไปได้แต่ปลาที่ไม่มีกระเพาะจะกินอาหารได้จำกัดการย่อยจะเกิดขึ้นเฉพาะในลำไส้หากกินอาหารมากจะเกิดการสูญเสีย เนื่องจากส่วนที่ยังไม่ย่อยจะถูกขับถ่ายออกไป
๔. อวัยวะส่วนอื่น ๆ
นอกจากอวัยวะข้างต้นแล้วปลายังมีอวัยวะส่วนอื่น ๆ ที่ช่วยในการผลิตน้ำย่อยอาหาร ได้แก่ ตับ ม้ามและตับอ่อน