โรคต้นแห้ง (seedling blight)
เกิดจากเชื้อราชื่อ Sclerotium rolfsii โรคนี้จะมีอาการให้เห็น โดยเชื้อราสร้างเม็ดขยายพันธุ์บนส่วนของรากพืช ทำให้ต้นกล้าข้าวสาลีตาย เป็นมากในสภาพน้ำขัง ป้องกันได้ โดยใช้สารเคมีคาร์บ็อกซินคลุกเมล็ดก่อนปลูก หรือปรับดินไม่ให้เป็นกรด โดยใส่ปูนขาว หรือปูนมาร์ล ในอัตรา ๓๐๐-๕๐๐ กิโลกรัม/ไร่
โรคใบจุดสีน้ำตาล (spot blotch)
เกิดจากเชื้อราชื่อ Helminthosporium sativum ทำให้เกิดอาการโคนเน่าและรากเน่า ถ้าต้นไม่ตาย ใบจะมีแผลเป็นจุดสีน้ำตาล ข้าวสาลีที่เป็นโรคนี้ อาจออกรวง โดยไม่ติดเมล็ดเลย หรือติดเมล็ดบ้างแต่เมล็ดลีบ ป้องกันโรคนี้ได้โดยปลูกพันธุ์ต้านทาน ปลูกพืชหมุนเวียน และใช้สารเคมีคลุกเมล็ดก่อนปลูก
โรคราสนิมใบ (leaf rust)
เกิดจากเชื้อราชื่อ Puccinia recondita มักพบในฤดูปลูกข้าวสาลีที่มีอากาศร้อนชื้น มีแผลเกิดขึ้นบนใบ และกาบใบ แผลมีสีส้มเข้ม ซึ่งเป็นสีสปอร์ที่เชื้อราสร้างขึ้นมา อาการของโรคจะเริ่มปรากฏจากใบล่าง ๆ แล้วลามขึ้นไปทางยอด ใบที่เป็นโรคจะตายไป
โรคราเขม่า (loose smut)
เกิดจากเชื้อราชื่อ Ustilage tritici รวงข้าวสาลีที่เป็นโรคนี้จะมีสปอร์สีดำขึ้นเต็มรวง เมื่อเป็นมากส่วนต่างๆ ของเมล็ดและดอกข้าวสาลีจะกลายเป็นฝุ่นลอยไปในอากาศ เหลือไว้แต่แกนรวงเปล่า ๆ
ป้องกันโรคนี้ได้ โดยเอาเมล็ดแช่น้ำร้อนก่อนปลูก หรือใช้พันธุ์ต้านทานโรค
โรคราแป้ง (Powerdery wildew)
เกิดจากเชื้อราชื่อ Erysiphe graminis f. sp. trilici อาการของโรคเกิดที่ใบและกาบใบ ที่แผลใบจะมีลักษณะเป็นสีขาวหรือเทา ซึ่งเป็นเส้นใยและเมล็ดขยายพันธุ์ของเชื้อรา ใบและกาบใบจะมีสีเหลืองหรือน้ำตาล ต้นจะแกร็นและอาจไม่ออกรวง ถ้าออกรวงเมล็ดที่ได้จะลีบกว่าปกติ ป้องกันโรคนี้ได้โดยปลูกพันธุ์ต้านทาน
โรครวงแห้ง (scab)
เกิดจากเชื้อราชื่อ Fusarium sp. โรคนี้สามารถเข้าทำลายต้นข้าวสาลีได้ทุกระยะการเจริญเติบโต ทำให้ต้นเน่าหรือแห้งตายไป ถ้าอยู่รอดถึงออกรวง จะทำให้รวงแห้ง อาจได้เมล็ดบ้าง แต่เมล็ดที่ได้จะลีบสีเมล็ดซีด ป้องกันได้โดยปลูกพืชหมุนเวียน ใช้สารเคมีคลุกเมล็ด หรือใช้พันธุ์ต้านทานโรค
โรครากปม (root knot)
เกิดจากไส้เดือนฝอยรากปมชื่อ Meloidogyne graminicola เข้าทำลายรากข้าวสาลี ทำให้ต้นข้าวสาลีเกิดอาการแคระแกร็น และเมล็ดลีบ ป้องกันได้โดยปลูกพันธุ์ต้านทานโรค ปลูกพืชหมุนเวียน ปลูกดาวเรืองป่าแซมในแปลงข้าวสาลี ใช้เมล็ดพันธุ์ที่สะอาด และเพิ่มการใส่ปุ๋ยหมัก ปุ๋ยคอก ลงในดิน