เมื่อผู้ผลิตและผู้บริโภคของระบบนิเวศตายไป สิ่งมีชีวิตเหล่านี้จะถูกกินต่อโดยผู้บริโภคซากพืชซากสัตว์ หรือผู้บริโภคเศษอินทรีย์ และจะถูกผู้ย่อยสลายสารอินทรีย์ เช่น แบคทีเรีย เห็ดรา ย่อยสลายต่อไป

ผู้ย่อยสลายสารอินทรีย์พบได้ในน้ำ ในดิน ในอากาศ เป็นสิ่งมีชีวิตพวก เห็ด รา ยีสต์ แบคทีเรีย และสัตว์เซลล์เดียวบางชนิด ผู้ย่อยสลายสารอินทรีย์ทำให้ซากสิ่งมีชีวิตเน่าเปื่อยผุพัง ทำให้สารอินทรีย์ในซากสิ่งมีชีวิตกลายเป็นสารอนินทรีย์สะสมอยู่ในดิน หรือน้ำ ทำให้พืชสามารถดูดซึมสารอนินทรีย์เหล่านี้ไปใช้ในการเจริญเติบโตต่อไปได้อีก

แบคทีเรีย เป็นสิ่งมีชีวิตเซลล์เดียว มีขนาดเล็กมากประมาณ 0.001-0.006 มิลลิเมตร เซลล์แบคทีเรียประกอบด้วยเยื่อหุ้มเซลล์ และผนังเซลล์ ภายในมีโพรโทพลาซึม นิวเคลียสไม่มีเยื่อหุ้ม แบคทีเรียมีอยู่ทั่วไปทุกหนทุกแห่ง มีมากมายหลายชนิด แต่จำแนกตามรูปร่างได้เป็น 3 พวก ดังนี้

1. ค็อกคัส (Coccus) มีรูปร่างกลม
2. บาซิลลัส (Bacillus) มีรูปร่างเป็นท่อน
3. สไปริลลัม (Spirillum) มีรูปร่างเป็นเกลียว

แบคทีเรียเป็นสาเหตุของโรคในคน เช่น ปอดปวม วัณโรค โรคเรื้อน บาดทะยัก อหิวาตกโรค คอตีบ ไอกรน ไทฟอยด์ แต่ในขณะเดียวกัน แบคทีเรียก็มีคุณประโยชน์ต่อมนุษย์ ดังนี้

1. ไรโซเบียมที่อยู่ในปมรากพืชตระกูลถั่ว เป็นแบคทีเรียที่สามารถตรึงไนโตรเจนในอากาศให้กลายเป็นเกลือไนเตรต ที่พืชสามารถนำไปใช้ในการเจริญเติบโตได้
2. นำมาผลิตสารปฏิชีวนะใช้รักษาโรคต่างๆ เช่น คานามัยซิน สเตรปโตมัยซิน แบคทีเรียบางชนิดยังช่วยสังเคราะห์วิตามินบี 12 ได้
3. ใช้ในอุตสาหกรรมและการผลิตอาหารบางชนิด เช่น น้ำปลา นมเปรี้ยว น้ำส้มสายชู อุตสาหกรรมฟอกหนัง
4. ใช้เซลล์แบคทีเรียในการผลิตฮอร์โมนบางชนิด เช่น อินซูลิน ใช้ในการผลิตวัคซีน การผลิตเซลล์แบคทีเรียที่มีโปรตีนสูง เพื่อใช้เป็นอาหารเสริมของสัตว์เลี้ยง โดยใช้เทคโนโลยีชีวภาพและพันธุวิศวกรรม
5. ทำให้ซากสิ่งมีชีวิตเน่าเปื่อยผุพังกลายเป็นปุ๋ยของพืช

เห็ด รา ยีสต์ มีโทษดังนี้

1. เห็ดบางชนิดมีพิษกินแล้วมึนเมา อาเจียน และอาจทำให้ถึงแก่ชีวิตได้
2. เห็ดราบางชนิดก่อให้เกิดความเสียหายกับอาคาร โบราณสถาน และโบราณวัตถุต่างๆ ทำให้เกิดการผุพัง
3. เชื้อราทำให้อาหารบูดเน่า
4. เชื้อราทำให้เกิดโรคผิวหนัง กลาก เกลื้อน โรคเปื่อยตามง่ามนิ้วมือนิ้วเท้า สปอร์ของราบางชนิดเป็นสาเหตุของโรคราในปอด และโรคทางเดินหายใจ

เห็ด รา ยีสต์ มีประโยชน์ดังนี้

1. เห็ดบางชนิดใช้เป็นอาหารได้ เช่น เห็ดฟาง เห็ดหูหนู เห็ดนางฟ้า เห็ดหอม เห็ดเป๋าฮื้อ
2. ราหลายชนิดมีความสำคัญในวงการอุตสาหกรรม เช่น อุตสาหกรรมผลิตกรดอินทรีย์และสารเคมีต่างๆ อุตสาหกรรมผลิตอาหาร ได้แก่ เนยแข็ง เต้าเจี้ยว ซีอิ๊ว เต้าหู้ยี้
3. เชื้อราบางชนิดใช้ประโยชน์ในด้านการแพทย์ได้ เช่น เชื้อราเพนิซิลเลียม ที่ให้สารปฏิชีวนะอย่าง เพนิซิลลิน
4. ยีสต์ถูกใช้ในอุตสาหกรรมการผลิตแอลกอฮอล์ หรือสุราเมรัยต่างๆ และใช้ในการทำขนมปังให้ขึ้นฟู