ชนิดของแร่มีอยู่ 2 กลุ่มหลัก คือ แร่ประกอบหิน และแร่เศรษฐกิจ แร่เศรษฐกิจยังสามารถแบ่งต่อไปได้อีก เช่น แร่โลหะ แร่อโลหะ แร่รัตนชาติ แร่เชื้อเพลิง เป็นต้น แร่ชนิดต่างๆ เหล่านี้มีคุณสมบัติและประโยชน์ที่แตกต่างกัน

ในแร่ชนิดต่างๆ มีธาตุหลักส่วนใหญ่อยู่เพียง 8 ธาตุ คือ ออกซิเจน ซิลิกอน อะลูมิเนียม โพแทสเซียม โซเดียม แคลเซียม เหล็กและแมกนีเซียม การจำแนกแร่ตามองค์ประกอบทางเคมีจึงแบ่งได้มากมาย อาจแบ่งกลุ่มแร่เป็น 2 ประเภทใหญ่ๆ ดังนี้

1. แร่ประกอบหิน
คือแร่ที่พบแทรกกระจายอยู่ในหินชนิดต่างๆ ในปริมาณที่น้อย และยากแก่การสกัดออกมาใช้ ส่วนใหญ่จึงไม่นำมาใช้ประโยชน์ แต่จะใช้ในการจำแนกชนิดของหิน เป็นแร่ที่มีความสำคัญในการเกษตร เพราะจะสลายกลายเป็นดินในระยะต่อไป แร่ประกอบหินที่พบทั่วไป ได้แก่ แร่ควอร์ต แร่เฟลด์สปาร์ แร่ไมกา แร่ฮอร์นเบลนด์ เป็นต้น

2. แร่อุตสาหกรรม (แร่เศรษฐกิจ)
เป็นแร่ที่มีราคา หรือปริมาณมากพอที่นำไปใช้ในอุตสาหกรรมได้ ยังอาจแยกแร่ออกตามชนิดของแร่ที่นำไปใช้ประโยชน์ ได้แก่

      - แร่โลหะ ส่วนมากเป็นแร่ที่ไม่บริสุทธิ์ ต้องนำไปถลุงเพื่อให้ได้สารหรือแร่บริสุทธิ์ก่อนนำไปใช้ เช่น แร่ดีบุก พลวง ทังสเตน เหล็ก สังกะสี ทองคำ  ทองแดง เป็นต้น
      - แร่อโลหะ ประกอบด้วยธาตุอโลหะ สามารถนำไปใช้ได้โดยตรงไม่ต้องแยกหรือทำให้บริสุทธิ์ก่อน เช่น แร่ใยหิน ดินขาว ยิปซัม กำมะถัน แกรไฟต์ ไมกา แร่รัตนชาติ เป็นต้น
      - แร่รัตนชาติ เป็นแร่ที่มีความสวยงาม หาได้ยาก ทนทาน รัตนชาติจะมีค่าต่อเมื่อมีผู้นิยม ตัวอย่างรัตนชาติที่สำคัญ เช่น เพชร (ใส) ทับทิม (สีแดง) ไพลิน (สีน้ำเงิน) บุษราคัม (สีเหลือง) มรกต (สีเขียว) โกเมน (สีแดงก่ำ) นิล (ดำ) เป็นต้น
      - แร่เชื้อเพลิง คือแร่ที่มีส่วนประกอบของธาตุคาร์บอน และธาตุไฮโดรเจนเป็นหลัก แร่เชื้อเพลิงเป็นทรัพยากรธรรมชาติที่มีความสำคัญต่อเศรษฐกิจของประเทศเป็นอย่างมาก เพราะนำไปใช้เป็นเชื้อเพลิงในโรงไฟฟ้าและโรงงานอุตสาหกรรม เชื้อเพลิงที่สำคัญ ได้แก่ ถ่านหิน น้ำมันดิบ แก๊สธรรมชาติ เป็นต้น
      - แร่กัมมันตรังสี เป็นแร่ที่มีการแผ่รังสี เราสามรถนำรังสีเหล่านั้นมาใช้ประโยชน์ เช่น ยูเรเนียม ใช้ในโรงไฟฟ้าปรมาณู โคบอลต์-60 ใช้รักษาโรคมะเร็ง ไอโดดีน-131 ใช้รักษาโรคเกี่ยวกับต่อมไทรอยด์ คาร์บอน-14 ใช้หาอายุซากดึกดำบรรพ์ เป็นต้น