นอกจากสารปรุงรสอาหารแล้ว สารในชีวิตประจำวันที่ใช้กับอาหารอีกประเภทหนึ่งก็คือ สารแต่งสีอาหาร ทั้งสีธรรมชาติ และสีสังเคราะห์ ซึ่งใช้เพื่อให้อาหารมีสีสันน่ารับประทาน สารแต่งสีอาหารมีการใช้กันทั่วไป เพราะถึงแม้ว่ารสชาติของอาหารจะสำคัญกว่า แต่สีสันที่ดูน่ากินก็จะยิ่งช่วยขับเน้นให้อาหารนั้นดูอร่อยยิ่งขึ้น

สารแต่งสีอาหารแบ่งเป็น 2 ประเภท คือ สารแต่งสีที่ได้จากธรรมชาติ เช่น พืชหรือสัตว์ เรียกว่า สีธรรมชาติ และสารแต่งสีที่ได้จากการสังเคราะห์ทางเคมี เรียกว่า สีสังเคราะห์สำหรับผสมอาหาร

สีธรรมชาติที่ใช้แต่งสีอาหารได้จากการสกัดเอา รงควัตถุ ที่อยู่ในพืชหรือสัตว์ออกมา โดยพืชส่วนใหญ่มักให้สีเขียวเพราะมีรงควัตถุอย่างคลอโรฟิลล์นั่นเอง ชาวญี่ปุ่นมักใช้สีเขียวจากใบชาบด หรือมัทฉะ ซึ่งให้รสขมและรสอูมามิด้วย ส่วนคนไทยชอบใช้สีเขียวจากใบเตย ซึ่งนอกจากให้สีเขียวแล้วยังให้กลิ่นที่หอมมากอีกด้วย โดยวิธีสกัดนั้นทำได้โดยการนำวัตถุดิบนั้น ๆ มาบดเป็นผงสีละเอียด หรืออาจย่อยให้เป็นชิ้นเล็ก ๆ แล้วทำการละลายเอาสีออกมาด้วยของเหลวอย่าง น้ำ น้ำมัน หรือแอลกอฮอล์ บางครั้งการใช้น้ำที่มีอุณหภูมิสูงก็จะช่วยให้สีละลายออกมาได้ดีขึ้น

สีธรรมชาติแต่ละสีมักมาจากแหล่งเหล่านี้

- สีแดง ได้จาก พริกแดง มะเขือเทศ บีทรูท กระเจี๊ยบ ฝาง ทับทิม แครนเบอร์รี​
- สีส้ม ได้จาก น้ำส้ม แครอท มันเทศสีส้ม
- สีเหลือง ได้จาก ฟักทอง ขมิ้น มันเทศ
- สีเขียว ได้จาก ใบเตย ใบชาเขียว ใบบัวบก​
- สีฟ้า ได้จาก ดอกอัญชัญ บลูเบอร์รี​
- สีม่วง ได้จาก มันเทศสีม่วง ข้าวสีนิล​
- สีน้ำตาล ได้จาก ผงโกโก้
- สีดำ ได้จาก ถ่านไม้ไผ่ ถ่านกะลา ถั่วดำ งาดำ

ถึงแม้การใช้สีธรรมชาติจะมีความปลอดภัยมากกว่า แต่บางครั้งเราก็อาจใช้สีสังเคราะห์สำหรับผสมอาหารเพราะไม่ต้องการได้รสชาติหรือกลิ่นของวัตถุดิบที่ติดมากับสีธรรมชาติ ซึ่งถ้าหากต้องใช้สีสังเคราะห์สำหรับผสมอาหาร ก็ควรใช้แต่น้อยจึงจะปลอดภัย ดังนั้น หากเราเห็นอาหารสีสันฉูดฉาดเกินไปตามท้องตลาด ก็ควรจะหลีกเลี่ยงเป็นดีที่สุด

อย่างไรก็ตาม สีที่ได้จากธรรมชาติก็ไม่ได้เหมาะที่จะนำมาแต่งสีอาหารเสมอไป สีธรรมชาติรวมทั้งสีสังเคราะห์บางอย่างก็ผลิตขึ้นเพื่อวัตถุประสงค์อื่น เช่น สีย้อมผ้า สีทาบ้าน หากนำสีเหล่านี้มาใช้แต่งสีอาหารก็จะเกิดอันตรายต่อสุขภาพจนอาจถึงแก่ชีวิตได้ จึงควรระมัดระวังเป็นอย่างยิ่ง