แม้ว่ายาที่ใช้กันเพื่อการรักษาโรคและความผิดปกติต่าง ๆ มีข้อบ่งชี้การใช้ที่ชัดเจน แต่หลาย ๆ ครั้ง ผู้บริโภคและผู้ป่วยก็ใช้ยาผิดวิธี ไม่ใช่แค่การรับประทานยาผิดเวลา แต่หมายรวมถึงการใช้ยาผิดประเภท เกินขนาด (Overdose) หรือใช้โดยไม่จำเป็น เพราะส่วนใหญ่แล้วเรารู้เพียงแค่ว่ายาตัวไหนใช้รักษาอะไร แต่ไม่ได้สนใจข้อมูลอื่น ๆ เช่น ผลข้างเคียง (Side Effect) โทษ ขนาดการใช้ ระยะเวลาในการใช้ต่อเนื่อง หรือการออกฤทธิ์
- การใช้ยาเกินขนาด เช่น การกินยาแอสไพรินเกินขนาด ทำให้เกิดภาวะเลือดเป็นกรดถึงตายได้ หรือการกินพาราเซตามอลมาก ๆ เป็นผลเสียต่อตับ ทำให้เกิดภาวะตับวายเฉียบพลัน โดยการกินนี้ไม่ได้หมายถึงการกินครั้งเดียวในปริมาณมากเท่านั้น แต่หมายรวมถึงการรับประทานเป็นประจำด้วย ดังนั้น ผู้ที่ใช้พาราเซตามอลรักษาอาการเจ็บป่วยเป็นประจำก็ควรระวังถึงผลที่ตามมาด้วย
- ผลข้างเคียงของยา ยาทุกตัวคือสารเคมี และมันไม่ได้มีผลเพียงด้านเดียว แม้ว่าเราจะมุ่งเน้นถึงผลของมันต่ออาการของร่างกายบางอย่างเพื่อการรักษาก็ตาม ยกตัวอย่างเช่น ยาแอสไพรินที่ทำให้เกิดการระคายเคืองต่อกระเพาะอาหารได้ หรือยาแก้อักเสบบางชนิดทำให้ฟันมีสีเหลือง
- ดื้อยา (Drug resistance) มักเกิดขึ้นกับการใช้ยาปฏิชีวนะแบบผิด ๆ เช่น Amoxycillin ซึ่งมักกินกันไม่ครบจำนวนหรืออัตราที่หมอกำหนด เมื่อรู้สึกว่าอาการดีขึ้นแล้วก็มักจะเลิกกิน และนั่นทำให้เชื้อโรคดื้อยาและครั้งถัดไปที่ใช้ยานี้ก็จะไม่ได้ผลดีเท่าที่ควรหรือไม่ได้ผลแล้ว
- การใช้ยาในทางที่ผิด รวมถึงการติดยา (Drug Abuse) เป็นการใช้ยาโดยไม่ได้หวังผลทางการรักษา ยกตัวอย่างเช่น การใช้มอร์ฟีน ซึ่งถูกคิดค้นขึ้นมาเพื่อระงับความเจ็บปวด มาใช้กลายเป็นยาเสพติด หรือการใช้ยาปฏิชีวนะเพื่อหวังผลลดไข้ ซึ่งแน่นอนว่าไม่ได้ผล และไม่สามารถรักษาโรคได้
นอกจากนั้นยังมีการแพ้ยา (Drug Allegy) และปฏิกิริยาลูกโซ่ต่อ ๆ กันจากการใช้ยา ซึ่งเกิดขึ้นเมื่อใช้ยามากกว่า 2 ตัวขึ้นไปพร้อม ๆ กันซึ่งอาจจะเสริมฤทธิ์กัน หรือต้านฤทธิ์กันก็ได้