เมื่อวัชพืชเป็นศัตรูพืชปลูก จำเป็นต้องมีการกำจัด เพื่อให้ปริมาณวัชพืชลดลงหรือหมดไป และเพื่อให้การกำจัด หรือควบคุมนั้นมีประสิทธิภาพ จึงจำเป็นอย่างยิ่งที่จะต้องรู้จัก และทราบลักษณะทางพฤกษศาสตร์ หรือวงชีพของวัชพืชนั้นๆ เสียก่อน เช่น วัชพืชที่มีหัว และไม่มีหัวต้องเลือกใช้วิธีการกำจัด หรือใช้ยาต่างกัน พืชใบแคบซึ่งส่วนใหญ่ หมายถึง หญ้าและกก นอกนั้นเป็นพืชใบกว้าง วัชพืชมีการสนองตอบต่อยากำจัดวัชพืชต่างกันด้วย เช่น สารเคมีพวกกรดซัลฟิวริก (sulphuric acid) จะกำจัดพืชใบกว้างชนิดที่เป็นไม้ล้มลุกอายุสั้นได้ ทั้งนี้เพราะว่าตา หรือยอดอ่อนไม่มีใบหุ้ม สารเคมีจะถูกตา ทำให้ตา หรือยอดอ่อนเสียไป ไม่เจริญเติบโต ส่วนพวกหญ้าและกกซึ่งเป็นพืชใบแคบ ยอดอ่อนหรือตาถูกหุ้มด้วยกาบใบหลายชั้น สารเคมีเข้าถึงตา หรือยอดอ่อนได้ยาก หรือไม่ได้ จึงทำให้การกำจัดวัชพืชเหล่านี้ไม่ได้ผลดี นอกจากนี้แล้ว ยังต้องพิจารณาถึงสภาพแวดล้อม และขนาดเนื้อที่ที่ทำการเพราะปลูกด้วย การกำจัดวัชพืชมีหลายวิธีดังนี้
เป็นวิธีการสมัยโบราณ ซึ่งชาวไร่ชาวสวนทั่วๆ ไปปฏิบัติ แต่วิธีการเหล่านี้ยังเป็นประโยชน์ และมีประสิทธิภาพ วิธีนี้มีหลายอย่าง ได้แก่
๑) การถอน ชาวสวนมักดายหญ้าต้นสูงๆ ออก หรือที่เรียกว่า ทำรุ่น โดยใช้มีด จอบ หรือเสียม หากต้นเล็กใช้การถอนออก ซึ่งเหมาะสำหรับสวนที่มีเนื้อที่น้อยๆ และวัชพืชนั้นเพิ่งเริ่มงอก รากหยั่งดินยังไม่ลึก ถ้าเป็นวัชพืชที่มีอายุข้ามปี การใช้มือถอนจะทำให้รากขาด ถ้าทิ้งไว้รากจะงอกขึ้นมาใหม่ การถอนวัชพืชควรรดน้ำให้ดินแฉะเสียก่อน ทำให้ถอนง่ายขึ้น เช่น แห้วหมูที่ขึ้นแซมในสนามหญ้า หากถอนเมื่อดินแข็ง ต้นมักขาด หัวยังคงอยู่ในดิน สามารถงอกใหม่ได้ ควรรดน้ำเสียก่อน เวลาถอนหัวแห้วหมูจะได้ติดมาด้วย การใช้มือถอนควรทำก่อนที่วัชพืชออกดอก
๒) การขุดโดยใช้มีด จอบ และเสียม เครื่องมือเหล่านี้เป็นเครื่องมือของกสิกร ใช้ถางขุดทำลายวัชพืช ทำได้ตั้งแต่ไร่ขนาดเล็กถึงไร่ขนาดใหญ่ แต่ต้องมีแรงงานพอที่จะทำการขุดหรือถาง การใช้จอบหรือเสียม รากของวัชพืชจะถูกขุดขึ้นมาด้วย และถ้าตากดินทิ้งไว้รากจะแห้งตาย เช่น แห้วหมู ส่วนการใช้จอบ หรือเสียม หรือมีดถากถางหญ้านั้น เป็นเพียงตัดต้นวัชพืชเฉพาะส่วนที่อยู่บนดินเท่านั้น ส่วนที่อยู่ใต้ดินยังคงอยู่ จะแตกเป็นต้นใหม่อีกเมื่อได้รับความชื้น ดังนั้น ควรขุด หรือถางพื้นดิน แล้วเก็บวัชพืชทิ้ง ซึ่งเป็นวิธีทำลายวัชพืช และเป็นการพรวนดินให้แก่พืชปลูกอีกด้วย
๓) การใช้เครื่องมือทุ่นแรงในการเกษตร เช่น การใช้รถแทรกเตอร์ไถ หรือพรวนดิน ก่อนลงมือปลูกพืช นอกจากเป็นการเตรียมดินแล้ว ยังทำให้จำนวนวัชพืชลดลงได้มาก เช่น หญ้าขจรจบ ถ้ามีการไถพรวนดินสัก ๒-๓ ครั้ง ก่อนลงมือปลูกข้าวโพด เมล็ดหญ้าขจรจบจะงอกน้อยกว่าไถพรวนเพียงครั้งเดียว รากวัชพืชบางชนิดหยั่งดินลึก การไถพรวนตื้นไม่สามารถกำจัดได้ แต่ทั้งนี้ขึ้นอยู่กับลักษณะของดิน ถ้าดินแห้งไถพรวนได้ตื้น ถ้าดินชื้นไถพรวนได้ลึกสามารถไถได้ลึก ๘-๑๐ นิ้ว จากผลการเพาะเมล็ดหญ้าขจรจบในความลึกต่างๆ กัน ปรากฏว่า ถ้าเพาะที่ผิวดิน จะงอกประมาณ ร้อยละ ๘๐ หากเพาะลึก ๔ นิ้วแล้ว เมล็ดจะงอกน้อยประมาณร้อยละ ๘ เมล็ดพืชนั้นหากฝังดินยิ่งลึกมาก ความสามารถงอกยิ่งลดลง
๔) การใช้เครื่องตัดหญ้า หรือกรรไกรตัดหญ้า เป็นการทำให้วัชพืชต้นเตี้ยลง ยอดใบถูกทำลาย ไม่เจริญดีเท่าทีควร หมั่นตัดอย่าให้วัชพืชเจริญเป็นต้นสูง มิฉะนั้นแล้ววัชพืชจะผลิตดอกออกผล ช่วยแพร่กระจายพันธุ์อีกด้วย
๕) การใช้น้ำขังให้ท่วมแปลง เป็นวิธีการกำจัดวัชพืชอีกวิธีหนึ่ง โดยการปล่อยน้ำให้ท่วมพื้นที่เป็นระยะเวลา ๑-๒ เดือน ซึ่งควรเป็นระยะเวลาว่างจากการเพาะปลูกพืชผลในฤดูแล้ง ข้อสำคัญต้องให้น้ำนั้นท่วมถึงยอดต้นวัชพืช ก่อนขังน้ำควรมีการไถพรวนดินเสียก่อน เป็นการทำลายต้น และเมล็ดวัชพืช หากวัชพืชเป็นไม้น้ำเมื่อระบายน้ำออกจากแปลงต้นจะแห้งตาย
๖) การใช้ความร้อนหรือเผา ความร้อนที่ก่อให้เกิดอันตรายต่อพืชได้ อยู่ระหว่าง ๔๕-๕๕ องศาเซลเซียส ทั้งนี้ ขึ้นอยู่กับเนื้อเยื่อ หรือชนิดของพืช เพราะความร้อนไปทำให้โปรโตพลาสซึมตกตะกอน เอนไซม์ไม่ทำงาน การกำจัดวัชพืชโดยใช้เปลวไฟหรือเผานี้ นิยมใช้กำจัดวัชพืชริมถนน ริมคลองคันคูชลประทาน ที่รกร้าง หรือในไร่หลังเก็บเกี่ยวแล้วการใช้เปลวไฟกำจัดวัชพืชในพืชไร่หลายชนิดได้ผลแต่ต้องคำนึงถึงอุณหภูมิของเปลวไฟ สามารถทำลายวัชพืชได้ แต่ไม่เป็นอันตรายต่อพืชปลูก อนึ่งการเผาตอซังพืชปลูก นอกจากจะเป็นการกำจัดพืชแล้ว ยังทำให้แปลงปลูกสะอาด ปราศจากเชื้อโรคและแมลง ซึ่งเป็นศัตรูพืชปลูก
๗) การให้ร่ม อาจจะใช้ฟาง แกลบ หรือกระดาษคลุมดิน เพื่อป้องกันมิให้ต้นวัชพืชได้รับแสง และจะตายไปในที่สุด ในต่างประเทศได้ใช้กระดาษคลุมดินแปลงอ้อยและสับปะรดกันมาก ปัจจุบันดัดแปลงเป็นแผ่นพลาสติกสีดำใช้คลุมดิน เพื่อป้องกันวัชพืช ในประเทศไทยใช้ฟางข้าวและแกลบคลุมดิน นอกจากจะรักษาความชื้นของดินแล้ว ยังเป็นการกำจัดวัชพืชอีกด้วย โดยมากพวกแห้วหมูหรือกกสามารถงอกทะลุฟางข้าวคลุมดินได้บ้าง ซึ่งเราก็สามารถถอนออกได้ง่าย เพราะดินไม่แห้งแข็ง
วิธีการนี้ได้จากประสบการณ์จากธรรมชาติ กล่าวคือ ต้นไม้ถูกรบกวนทำลายโดยศัตรูธรรมชาติ ได้แก่ พืช สัตว์ แมลง และเชื้อโรค แต่มิใช่เป็นวิธีการที่สามารถกำจัดวัชพืชให้หมดสิ้นไป เพียงลดปริมาณลงเท่านั้นการกำจัดวัชพืชโดยสิ่งมีชีวิตจะได้ผลดี สำหรับวัชพืชชนิดเดียวที่ขึ้นหนาแน่นในพื้นที่มากๆ เช่น ในออสเตรเลียใช้แมลงกำจัดกระบองเพชร แมลงที่ปล่อยให้กัดกินต้นกระบองเพชร นำมาจากประเทศอาร์เจนตินา โดยเลี้ยงขยายพันธุ์ให้ได้จำนวนมาก แล้วจึงปล่อยในทุ่งกระบองเพชร แต่การจะนำแมลง หรือศัตรูชนิดใดเข้าประเทศ เพื่อกำจัดวัชพืช ต้องคำนึงว่าศัตรูนั้น จะไม่ทำลายพืชเศรษฐกิจ หรือพืชปลูก อเมริกาใช้สัตว์น้ำชนิดหนึ่ง เรียกว่า มานาที กำจัดผักตบชวาและวัชพืชน้ำอื่นๆ สัตว์ชนิดนี้กินพืชเป็นอาหาร และเลี้ยงปลาที่กินพืชเป็นอาหาร ในบ่อมีวัชพืชน้ำขึ้นหนาแน่น
ประเทศญี่ปุ่นได้มีการศึกษาค้นคว้าใช้กั้งน้ำจืด (tadpole shrimps) กำจัดวัชพืชในนาข้าว กั้งน้ำจืดจะใช้เท้ากวาดให้เมล็ดวัชพืชที่กำลังงอกลอยน้ำ รากไม่สามารถหยั่งดิน จึงไม่เจริญเติบโต ปัจจุบันอเมริกาเลี้ยงเชื้อราชนิดหนึ่งเป็นการค้า ราชนิดนี้สามารถกำจัดวัชพืชจำพวกโสนคางคก โดยรานี้ทำให้วัชพืชดังกล่าวเป็นโรค ในฮาวายใช้ราที่ทำให้เกิดโรคใบเหี่ยวกำจัดวัชพืชจำพวกชุมเห็ด หรือขี้เหล็ก การปล่อยวัวควายกินหญ้าในสวนมะพร้าว หรือสวนยางก็เป็นการกำจัดวัชพืชโดยสิ่งมีชีวิตวิธีหนึ่ง
การกำจัดวัชพืชโดยสิ่งมีชีวิต มิได้หมายถึงการใช้สัตว์ แมลง หรือเชื้อโรคเท่านั้น ยังรวมไปถึงพืชด้วย โดยเลือกปลูกพืชที่เติบโตเร็วกว่าวัชพืชหรือที่เรียกว่า พืชคลุมดิน นิยมใช้พืชตระกูลถั่ว ซึ่งมีใบใหญ่เจริญเติบโตเร็ว และเป็นไม้เลื้อยเนื้ออ่อน เช่น เซนโทรซีมา (centrosema pubescens) หรือ ปลูกพืชเศรษฐกิจสลับชนิดกัน เช่น ปลูกข้าวสลับกับการปลูกถั่ว การกระทำดังกล่าวจะช่วยลดปริมาณ และทำให้การกำจัดวัชพืชสะดวกได้ผลดีขึ้น
เป็นวิธีการแพร่หลายมากในปัจจุบัน เพราะเป็นการกำจัดวัชพืชที่ได้ผล ยิ่งที่ทำการเพาะปลูกมากๆ การใช้แรงงานคนนั้นช้าไม่ทันต่อเหตุการณ์ สิ้นเปลืองมากกว่าใช้สารเคมี โดยเฉพาะอย่างยิ่ง ในประเทศที่ค่าแรงแพง และหายากจะเป็นปัญหาในเรื่องค่าใช้จ่าย ทำให้ต้นทุนการผลิตสูง วิธีกำจัดวัชพืชโดยใช้สารเคมีเริ่มตั้งแต่ราวปี พ.ศ. ๒๔๔๐ และต่อมาหลังสงครามโลกครั้งที่ ๒ ได้มีการนำเอาสารเคมีทูโฟดี (dicchlorophenoxy acetic acid) มาใช้ ปรากฏว่า ในอัตราส่วนต่างๆ ไม่ค่อยเป็นอันตรายต่อหญ้า แต่จะทำให้พืชใบกว้างไม่เจริญเติบโตหรือตายได้ ดังนั้น จึงนิยมใช้สารเคมีชนิดนี้กำจัดวัชพืชในแปลงปลูกข้าว ข้าวโพด และทุ่งหญ้าเลี้ยงสัตว์ การที่สารกำจัดวัชพืชสามารถทำลายวัชพืช และไม่ทำลายพืชปลูก เรียกว่า สารชนิดนั้นมีความสามารถในการเลือกทำลาย (selectivity of herbicides) ส่วนสารที่ทำลายทั้งวัชพืช และพืชปลูก เรียกว่า สารชนิดนั้นไม่เลือกทำลาย (non selective herbicide) จากนั้นได้มีการคิดค้นหาสารเคมีอื่นๆ หรือใช้สารเคมีหลายชนิดผสมกัน เพื่อใช้กำจัดวัชพืชใบแคบหรือกำจัดพืชยืนต้น จนกระทั่งปัจจุบันการกำจัดวัชพืชมีหลายชนิด แต่ละชนิดเป็นอันตรายต่อพืช คน และสัตว์ ซึ่งอันตรายที่ได้รับจะมากแค่ไหนย่อมขึ้นอยู่กับความมากน้อย หรือความเข้มข้นของสารเคมีนั้นๆ จึงควรใช้ด้วยความระมัดระวัง
สารกำจัดวัชพืช แบ่งออกตามลักษณะการทำลายเป็น ๓ ประเภทใหญ่ๆ คือ
๑) ชนิดถูกต้นตาย หลังจากที่ใช้สารกำจัดวัชพืชพ่นลงบนต้นวัชพืชแล้ว สารจะไม่เคลื่อนย้ายไปสู่ส่วนอื่นของลำต้น แต่จะไปทำลายส่วนที่เป็นสีเขียว ทำให้ขาดการปรุงอาหาร ต้นวัชพืชจะค่อยๆ เหลืองและแห้งตายในที่สุด ยาพวกนี้ได้แก่ โซเดียมอาร์ซีไนต์ และโซเดียมคลอเรต ใช้ฉีดหลังจากที่วัชพืชงอกเป็นต้นโตหนาแน่นแล้ว แต่ยังไม่ได้ปลูกพืชเศรษฐกิจ เหมาะสำหรับวัชพืชที่มีอายุเพียงปีเดียว เช่น หญ้ายาง หญ้าขจรจบ
๒) ชนิดดูดซึมไปทั่วต้นวัชพืช สารกำจัดวัชพืชชนิดนี้ใช้กับต้นไม้ หรือไม้พุ่ม หรือพวกพืชข้ามปี เพราะหลังจากที่ฉีดยาแล้ว ตัวยาจะซึมไปตามท่อน้ำท่ออาหารของต้นพืช ยาบางชนิดอาจทำลายเนื้อเยื่อบริเวณท่ออาหาร บางชนิดอาจรบกวนระบบการทำงานของขบวนการภายในของพืช เช่น การหายใจ การสังเคราะห์แสง และการแบ่งเซลล์ที่ปลายราก และปลายยอด ตัวอย่างชนิดนี้ เช่น ทูโฟดี ดาลาพอน
๓) การพ่นลงดินเพื่อป้องกันการงอกของเมล็ดวัชพืช อาจใช้แปลงพืชปลูก หรือที่ใดก็ได้ที่ไม่ต้องการให้วัชพืชขึ้น ในขณะที่พ่นยา ดินควรจะชื้น หรือควรให้ได้รับน้ำฝนในระยะสองสามวันหลังจากนั้นถ้าไม่มีฝนควรเคล้ายาลงดินตื้นๆ ไว้ก่อน ยาชนิดนี้จะทำลายเมล็ดวัชพืชขณะกำลังงอก โดยเข้าทางราก หรือส่วนของต้นใต้ดิน เช่น ยาอะทราซีน ไดยูรอน การกำจัดวัชพืช แต่ละวิธีที่ได้กล่าวมาแล้ว บางครั้งก็ไม่สามารถกำจัดได้ จำเป็นต้องใช้หลายๆ วิธีประกอบกัน เพื่อทำให้วัชพืชหมดไปหรือลดลง ซึ่งเรียกว่า การกำจัดโดยวิธีผสมผสาน (integrated control) เช่น สถานีประมง บึงบรเพ็ด จังหวัดนครสวรรค์ ใช้วิธีกำจัดวัชพืชน้ำ โดยใช้สารกำจัดวัชพืชร่วมกับการใช้เครื่องจักกว้าน หรือลากวัชพืชขึ้น และใช้แรงคนกวาดขนวัชพืชขึ้นจากน้ำอีกด้วย