วัชพืชทำความเสียหายแก่เกษตรกรหลายด้าน คือ
วัชพืชนับว่า เป็นศัตรูอย่างหนึ่งของพืชปลูก ในปีหนึ่งๆ วัชพืชทำให้รายได้กสิกรลดลง เนื่องจากผลิตผลลดลงเป็นจำนวนไม่น้อย ในต่างประเทศได้มีการค้นคว้าวิจัยผลเสียหายอันเนื่องมาจากวัชพืช ปรากฏว่า มีมากกว่าผลเสียหายที่เกิดจากโรคและแมลงรวมกัน และยังมีรายงานจากการวิจัยว่า วัชพืชที่ขึ้นในแปลงพืชปลูก จะทำให้ผลิตผลลดลงถึงร้อยละ ๓๐-๓๕ เนื่องจากวัชพืชเป็นต้นไม้มีชีวิตเช่นเดียวกับพืชปลูก ฉะนั้นย่อมต้องการปุ๋ย น้ำ แสงสว่าง เพื่อการเจริญเติบโตเช่นเดียวกัน ดังนั้น เมื่อวัชพืชมาแบ่งสิ่งเหล่านี้จากพืชปลูก ย่อมทำให้พืชปลูกได้ปุ๋ยและน้ำน้อยลง ไม่เจริญเติบโต ทำให้ผลิตผลไม่สมบูรณ์ นอกจากนี้แล้ว วัชพืชยังเป็นที่อาศัยของโรคและแมลงอีกด้วย เช่น ปรากฏในผลงานวิจัยวัชพืชที่เป็นภัยแก่ฝ้ายของนายชัยวัฒน์ จันทร์ศรีวงศ์ แห่งกรมวิชาการเกษตร (พ.ศ. ๒๕๒๐ ) เกี่ยวกับการศึกษาโรคใบหงิกของฝ้าย โรคนี้ทำความเสียหายร้ายแรงมาก หากเป็นกับฝ้ายขณะต้นยังอ่อนอยู่ แทบจะกล่าวได้ว่า ไม่ให้ผลิตผลเลย ต้นน้ำนมราชสีห์ หญ้าขัดมอน และหญ้าพันงูเป็นวัชพืชในแปลงฝ้ายและเป็นพืชอาศัยของแมลงที่เป็นพาหะของเชื้อไวรัส อันเป็นต้นเหตุให้เกิดโรคใบหงิก เจ้าหน้าที่วิจัยเรื่องโรคนี้จึงได้แนะนำให้กสิกรป้องกัน โดยหมั่นตรวจแปลง อย่าปล่อยให้วัชพืชขึ้นรกรุงรัง เชื้อราบางชนิดที่ทำให้เกิดโรคกับพืชต้องอาศัยพืชปลูกระยะหนึ่ง และอาศัยวัชพืชอยู่อีกระยะหนึ่ง จึงจะครบวงจรชีวิต (life cycle) เช่น โรคสนิมของข้าวสาลี
วัชพืชบางชนิดสร้างสารมีพิษลงสู่ดิน สารนี้จะไปทำอันตรายต่อพืชปลูก โดยชะงักการเจริญเติบโต ทำให้พืชปลูกแคระแกร็น นอกจากนี้หากปล่อยให้วัชพืชขึ้นรกในพื้นที่ทำการเพาะปลูกแล้ว ที่นั้นจะเป็นที่อยู่อาศัยของบรรดาสัตว์หลายชนิดที่กินพืชปลูกเป็นอาหาร เช่น หนู
วัชพืชมักขึ้นปะปนในทุ่งหญ้าเลี้ยงสัตว์ บางชนิดมีสารเป็นพิษ เมื่อสัตว์กินแล้วจะทำให้ตาย หรือร่างกายไม่เจริญเติบโต ทำให้ผลิตผลด้านปศุสัตว์ลดลง เช่น หญ้าจอห์นสัน (johnson grass) ควายกินแล้วตายได้ หรือวัชพืชบางชนิด เมื่อวัวกินแล้ว ทำให้นมวัวที่ได้นั้นมีกลิ่นผิดไปจากธรรมชาติ
วัชพืชที่ขึ้นตามอ่างเก็บน้ำน้ำจะระเหยออกทางลำต้น ใบ ทำให้น้ำในอ่างเก็บน้ำมีปริมาณลดลง นอกจากนั้น ยังทำให้คูส่งน้ำตื้นเขิน ประสิทธิภาพในการส่งน้ำลดลง ท่อระบายน้ำอุดตัน ทำให้เสียค่าแรงงานขุดลอกคันคูน้ำ และสิ้นเปลืองค่าใช้จ่ายในการกำจัดวัชพืช เช่น หลังจากสร้างเขื่อนภูมิพลเสร็จ แล้วมีการกักน้ำ พื้นที่ตอนบนของเขื่อน น้ำจะท่วมเป็นบริเวณกว้าง ผักตบชวาตามหมู่บ้านที่น้ำท่วมถึงมารวมกันในอ่างเก็บน้ำ และขยายพันธุ์จนเต็มอ่างตอนเหนือเขื่อน ทำให้กรมชลประทานต้องสิ้นเปลืองค่าใช้จ่ายในการกำจัดผักตบชวา
โดยเฉพาะที่เป็นป่าปลูก เช่น สวนผัก สวนสน หรือแปลงกล้าป่าไม้ ในป่าปลูกเช่นนี้ ย่อมมีวัชพืชรบกวน โดยแย่งปุ๋ย น้ำ และแสงสว่าง วัชพืชบางชนิด เป็นพืชอาศัยขึ้นตามรากไม้ที่ปลูก ทำให้ไม้ปลูกไว้เติบโตช้า
ถึงแม้วัชพืชน้ำจะให้คุณแก่สัตว์น้ำ กล่าวคือ เป็นที่อาศัยวางไข่ ให้ร่วมเงาทำให้น้ำสะอาด แต่ปริมาณวัชพืชน้ำต้องมีพอสมควร หากมีมากไปทำให้บ่อน้ำตื้นเขิน เนื้อที่น้อยลง กีดขวางการจับสัตว์น้ำ พืชน้ำบางชนิด เช่น สาหร่าย ข้าวเหนียว จับปลาเล็ก ๆ เป็นอาหาร ทำให้ปริมาณปลาลดลง หากวัชพืชน้ำขึ้นหนาแน่น แสงไม่พอการสร้างอาหารของพืชก็จะลดลง ก๊าซออกซิเจนซึ่งเป็นผลที่ได้จากการสร้างอาหารก็ลดลงด้วย ทำให้สัตว์น้ำตาย นอกจากนี้ ยังลดปริมาณอาหารเบื้องต้นของสัตว์น้ำ เช่น พวกไรน้ำ (plankton) ทั้งนี้เพราะพวกวัชพืชแย่งอาหารพวกฟอสเฟต ซึ่งพวกไรน้ำต้องการเช่นกัน