ประวัติของฝ้ายเท่าที่มีหลักฐานการค้นพบมีอยู่ทั้ง ๒ ด้าน คือ จากด้านโลกเก่า และโลกใหม่
ไม่มีหลักฐานว่า มนุษย์ได้รู้จักนำฝ้ายมาใช้ทำเสื้อผ้าแต่เมื่อใด เป็นแต่เพียงมีหลักฐานว่า มีผู้พบเศษผ้าที่ทำจากฝ้ายในอุโมงค์เก่าแก่ที่ฮัวคาพรีทาร์ (Huaca prietar) ที่ภาคกลางตอนเหนือของประเทศเปรู ซึ่งมีอายุก่อนคริสต์ศตวรรษถึง ๒,๕๐๐ ปี จึงเป็นการแน่นอนว่ามนุษย์รู้จักนำเส้นใยฝ้ายมาปั่นทำเป็นเส้นด้าย แล้วทอเป็นผืนผ้าก่อนนั้นมานานแล้ว และเมื่อนักสำรวจรุ่นหลังจากโคลัมบัสไปสำรวจทวีปอเมริกา ได้พบว่า ชาวพื้นเมืองของประเทศเปรู และเม็กซิโก รู้จักการทำผ้าจากฝ้ายจนเจริญแล้ว ต่อมาจึงแผ่ขยายขึ้นไปทางเหนือซึ่งเป็นภาคใต้ของสหรัฐอเมริกาขณะนี้
มีหลักฐานว่า สมัยพระเจ้าอะเล็กซานเดอร์มหาราช ได้เปิดเส้นทางค้าขายมาทางภาคตะวันออก และประเทศอินเดีย ซึ่งสินค้าก็มีเสื้อผ้าที่ทำด้วยฝ้าย จนอินเดียได้ชื่อว่า แผ่นดินที่มีผ้าฝ้ายเป็นเครื่องนุ่งห่ม
สำหรับประเทศไทยนั้นได้มีการปลูกฝ้าย และปั่นทอทำเป็นเสื้อผ้ามาแต่โบราณ หลักฐานเท่าที่จะอ้างอิงได้ คือ จากพุทธบัญญัติให้พระภิกษุใช้ผ้าเป็นเครื่องห่มครองได้ ๖ ชนิด รวมทั้งผ้าฝ้ายด้วย โดยมีชื่อเป็นภาษาบาลีว่า "กัปปาสิคพัตร" ซึ่งแสดงว่า เมื่อพุทธศาสนามาสู่ประเทศไทย คนไทยรู้จักปลูกฝ้าย และทอผ้าแล้ว
จากหลักฐานดังกล่าว จึงเป็นที่แน่ชัดว่า ถิ่นกำเนิดของฝ้าย คือ แถบทวีปอเมริกากลาง และทวีปเอเชียภาคใต้
การขยายตัวของฝ้าย ในระยะแรกที่ชาวยุโรปได้รู้จักฝ้ายนั้น ยังไม่เป็นที่นิยมนัก เพราะระยะนั้นชาวยุโรปรู้จักแต่ผ้าที่ทำด้วยขนสัตว์ และเส้นใยจากต้นป่านแฟลกส์ (flax) ต่อมาในราวคริสต์ศตวรรษที่ ๑๔-๑๖ ซึ่งเป็นระยะที่ชาวยุโรปได้ตื่นตัวในด้านวิทยาการต่างๆ ชาวยุโรปจึงได้นิยมใช้ผ้าฝ้าย
สำหรับประเทศอังกฤษก็เช่นกัน ในสมัยก่อนโน้นได้ใช้เครื่องนุ่งห่มที่ทำจากขนสัตว์ทั้งนั้น จนกระทั่งปี ค.ศ. ๑๖๐๐ จึงได้มีการนำผ้าฝ้ายเข้าไปจำหน่าย และเป็นคู่แข่งขันของผ้าที่ทำจากขนสัตว์ ฝ้ายจึงเป็นวัตถุสำคัญทั้งในด้านสังคม เศรษฐกิจ และการเมือง ในระยะหลังปี ค.ศ. ๑๗๐๐ ได้มีการคิดค้นเครื่องยนต์ไอน้ำขึ้น อุตสาหกรรมปั่นด้ายก็เกิดขึ้น เพราะก่อนหน้านี้ การปันด้ายทำด้วยมือ ซึ่งเป็นเพียงอุตสาหกรรมในครัวเรือนเท่านั้น