กระบวนการผลิตเมล็ดมะคาเดเมียในระบบอุตสาหกรรมนั้นภายหลังจากเก็บเมล็ดมะคาเดเมียแล้วจะต้องกะเทาะเปลือกเขียวออกก่อนโดยใช้เครื่องกะเทาะเปลือกเขียวและแยกเปลือกเขียวออกจากกะลา หลังจากนั้นทำความสะอาดโดยผ่านเครื่องล้างและแยกเมล็ดดีและเมล็ดเสียออกจากกันแล้วนำมาอบลดความชื้นที่อุณหภูมิประมาณ ๕๐-๖๐ องศาเซลเซียส จนความชื้นเหลือประมาณ ๓-๕ เปอร์เซ็นต์ ใช้เวลาในการอบประมาณ ๕-๖ วัน เพื่อให้เนื้อในแยกออกจากกะลาทำให้เมื่อใช้เครื่องกะเทาะเปลือกเขียวจะช่วยลดการแตกหักของเนื้อใน
หลังจากกะเทาะเปลือกเขียวออกแล้วนำเมล็ดเข้าเครื่องคัดขนาดก่อนเข้าเครื่องกะเทาะเนื่องจากเครื่องกะเทาะเมล็ดมีช่องหลายขนาดเป็นการควบคุมคุณภาพเมล็ดและประสิทธิภาพในการกะเทาะเมื่อกะเทาะเมล็ดแล้วใช้เครื่องหรือคนคัดแยกเมล็ดเต็มและเมล็ดแตกแล้วแยกเนื้อในออก จากนั้นนำเนื้อในเข้าเครื่องอบลดความชื้นจนความชื้นเหลือประมาณ ๑-๑.๕ เปอร์เซ็นต์แล้วบรรจุถุงหรือแปรรูปต่อไป
๑) เมล็ดทั้งกะลา (nut in shell)
เมล็ดทั้งกะลาหากลดความชื้นให้เหลือเพียงประมาณ ๑๐ เปอร์เซ็นต์ สามารถเก็บไว้ได้นาน ๑ เดือน เพื่อรอการกะเทาะหรือจำหน่ายโดยการควบคุมและรักษาระบบการหมุนเวียนของอากาศถ้าเมล็ดมีจำนวนไม่มากอาจเก็บโดยเทเมล็ดลงบนชั้นลวดตาข่ายแล้วเกลี่ยให้มีความหนา ๑๐-๒๕ เซนติเมตร นำไปวางในที่ร่มที่มีการถ่ายเทอากาศดีก็จะสามารถเก็บไว้ได้นานถึง ๖-๑๒ สัปดาห์ ซึ่งแตกต่างกันไปตามสภาพอากาศด้วยแต่ถ้าลดความชื้นเหลือประมาณ ๑.๒ เปอร์เซ็นต์ สามารถเก็บไว้ได้นานถึง ๑๒ เดือน และรสชาติหลังจากที่อบสุกแล้วก็ยังไม่เปลี่ยนแปลง
๒) เนื้อใน (kernel)
เนื้อในดิบที่กะเทาะกะลาออกแล้วถ้าไม่นำไปแปรรูปทันทีมีวิธีการเก็บโดยบรรจุในถุงพลาสติกอัดแบบลามิเนต (laminated) ซึ่งชั้นนอกเป็นฟิล์มไนลอนหนา ๑๕ ไมครอน ชั้นในเป็นพอลิเอทิลีนหนา ๗๐ ไมครอน บรรจุแบบสุญญากาศที่ความดัน -90 Kpa และเก็บที่อุณหภูมิ ๕-๑๐๐ องศาเซลเซียส จะสามารถเก็บไว้ได้นาน ๑๒ เดือน แต่ถ้าบรรจุแบบสุญญากาศและเก็บที่อุณหภูมิห้องจะเก็บได้ไม่เกิน ๖ เดือน
๓) การขนส่ง
การขนส่งภายในประเทศที่ใช้เวลาไม่เกิน ๓ วัน ให้บรรจุเมล็ดทั้งกะลาในกระสอบตาข่ายแต่ถ้าจัดส่งไปยังต่างประเทศต้องลดความชื้นของเมล็ดให้เหลือประมาณ ๑๐ เปอร์เซ็นต์ และบรรจุในกระสอบตาข่ายโปร่ง กระสอบป่านหรือกล่องที่มีรูระบายอากาศแล้วนำไปเก็บที่อุณหภูมิ ๑๐๐ องศาเซลเซียสหรือถ้าลดความชื้นเหลือประมาณ ๑.๒ เปอร์เซ็นต์ สามารถเก็บในอุณหภูมิห้องได้นาน ๑๒ เดือน ส่วนเมล็ดเนื้อในดิบที่บรรจุถุงตามกรรมวิธีการเก็บรักษาเนื้อใน สามารถขนส่งได้ทั้งทางเรือและเครื่องบินภายใต้อุณหภูมิไม่เกิน ๑๐๐ องศาเซลเซียส