หนูที่เป็นศัตรูของมะคาเดเมียมี ๕ ชนิด คือ หนูพุกใหญ่ (bandicota indica) หนูพุกเล็ก (bandicota savilei) หนูท้องขาวบ้าน (rattus rattus) หนูจี๊ด (R.exulans) และหนูใหญ่ (E.argentiventer) หนูเริ่มเข้าทำลายผลเมื่อผลแก่ใกล้เก็บเกี่ยวและยังนำผลเข้าไปกินในรังหรือที่อื่น ๆ
การป้องกันกำจัดโดยการใช้สารกำจัดหนูประเภทออกฤทธิ์ช้า ชนิดที่หนูกินครั้งเดียวตาย ได้แก่ โบรไลฟาคูม (พลีแร็ก 0.005 % หรือสะตอม 0.005 %) ชนิดก้อนขี้ผึ้งหนักก้อนละ ๕ กรัม โดยวางใส่ในท่อพีวีซีที่มีเส้นผ่าศูนย์กลางประมาณ ๙ เซนติเมตร และยาวประมาณ ๕๐ เซนติเมตร ท่อละ ๓ ก้อน ในบริเวณโคนต้นทุก ๆ ๓ ต้นต่อ ๑ ท่อ โดยปฏิบัติตั้งแต่มะคาเดเมียเริ่มออกดอกจนกระทั่งเก็บเกี่ยวในทุก ๆ ๑๐ วันให้ทำการตรวจแต่ละจุดและเติมสารกำจัดหนูเท่ากับจำนวนที่หนูกินไป