จุดมุ่งหมายหลักในการพัฒนาชีวสนเทศศาสตร์นั้น คือ เพื่อใช้ในการค้นหาความหมายที่ซ่อนอยู่ในข้อมูลทางชีววิทยาที่ได้รับการสร้างขึ้นอย่างมากมายจากความก้าวหน้าทางเครื่องมือและเทค โนโลยีต่าง ๆ โดยชีวสนเทศทำให้การเก็บข้อมูลมีระบบสามารถเรียกใช้ได้ง่ายและทำให้มีการพัฒนาเครื่องมือต่าง ๆ ในการวิเคราะห์ข้อมูลให้มีประสิทธิภาพ ปัจจุบันมีการปรับเปลี่ยนรูปแบบของการค้นคว้าวิจัยซึ่งใช้เวลาส่วนใหญ่ในห้องปฏิบัติการเพียงอย่างเดียวมาผสมผสานกับการสืบค้น การวิเคราะห์ข้อมูล หรือการทำการทดลองบนคอมพิวเตอร์ จากนั้นจึงนำผลที่ผ่านการประเมินหรือวิเคราะห์แล้วกลับมายืนยันโดยการวิจัยในห้องปฏิบัติการซึ่งทำให้จำนวนการทดลองลดลงอย่างมาก รวมทั้งมีผลการทดลองที่แม่นยำและถูกต้องมากขึ้นช่วยประหยัดทั้งงบประมาณการวิจัยและเวลา
ประโยชน์ของชีวสนเทศศาสตร์ในด้านต่าง ๆ ตัวอย่างเช่น
นอกเหนือจากการศึกษาและใช้ประโยชน์จากจีโนมของมนุษย์แล้วใน ค.ศ. ๑๙๙๔ กระทรวงพลังงานของสหรัฐอเมริกาได้มีโครงการศึกษาจีโนมของจุลินทรีย์ชนิดต่าง ๆ (Microbial Genome Project) โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษารหัสพันธุกรรมในจีโนมของจุลินทรีย์ที่มีประโยชน์ในด้านต่าง ๆ เช่น การผลิตพลังงาน การกำจัดของเสียและสารพิษในสิ่งแวดล้อม หากสามารถเข้าใจพื้นฐานการดำรงชีวิตโดยเฉพาะหากสามารถแยกยีนที่ทำให้แบคทีเรียเหล่านี้มีคุณสมบัติพิเศษที่มีประโยชน์ดังกล่าวข้างต้นจะสามารถนำมาใช้ประโยชน์ได้อย่างมหาศาล เช่น การศึกษาจีโนมของแบคทีเรียชนิด Thermotoga maritima ซึ่งสามารถมีชีวิตอยู่ได้ในอุณหภูมิสูงกว่าจุดเดือด การใช้ชีวสนเทศศาสตร์ศึกษาข้อมูลจีโนมของแบคทีเรียชนิดนี้อาจนำไปสู่การค้นพบยีนในการผลิตเอนไซม์ที่สามารถทนความร้อนสูงได้และสามารถนำข้อมูลจากยีนนั้นมาใช้ผลิตเอนไซม์ซึ่งจะมีประโยชน์ในด้านอุตสาหกรรมอย่างมาก การเปรียบเทียบข้อมูลจีโนมของพืชที่มีสมบัติต่าง ๆ กัน โดยใช้ชีวสนเทศศาสตร์อาจทำให้เราพบยีนที่สำคัญต่าง ๆ เช่น ยีนที่เกี่ยวข้องกับการสร้างสารหอมในข้าวหอมมะลิซึ่งไม่พบในข้าวชนิดอื่นสามารถใช้เป็นข้อมูลพื้นฐานในการศึกษาและพัฒนาคุณภาพของข้าวหอมมะลิของไทยได้