ในปัจจุบันยังคงมีปัญหาที่เกิดจากเส้นแบ่งเขตแดนระหว่างประเทศอยู่หลายด้านที่ทำให้เกิดเป็นข้อโต้เถียงหรือข้อขัดแย้งกันตามบริเวณชายแดนของไทยและเพื่อนบ้านซึ่งอาจสรุปสาเหตุสำคัญของปัญหาได้ ดังนี้
ก. เกิดจากหลักเขตแดนถูกทำลายหรือชำรุดสูญเสียโดยการกระทำของมนุษย์ สัตว์ หรือเสียหายไปตามธรรมชาติทำให้ไม่สามารถทราบได้ว่าเส้นแบ่งเขตแดนที่ถูกต้องแน่นอนอยู่ ณ ตำแหน่งใดในภูมิประเทศซึ่งอาจเป็นสาเหตุให้เกิดการรุกล้ำเขตแดนกันได้โดยง่าย
ข. ระยะระหว่างหลักเขตแดนแต่ละหลักที่ได้ปักกันไว้แต่เดิมห่างกันมากเกินไปบางหลักห่างกันหลายกิโลเมตร เช่น ระหว่างหลักเขตแดนที่ ๔๔ - ๔๘ ในเขตอำเภออรัญประเทศ จังหวัดสระแก้ว และหลักเขตแดนบางจุด มีการตกลงให้ใช้เส้นตรงทำให้ไม่สามารถทราบได้โดยชัดเจนว่าเส้นแบ่งเขตแดนทอดตัวไปตามแนวใดในภูมิประเทศ ประกอบกับหลักเขตแดนที่ได้ปักปันกันไว้ในอดีตนั้นส่วนใหญ่ไม่มีค่าพิกัดภูมิศาสตร์กำกับไว้เมื่อเกิดการสูญหายหรือชำรุดไปก็ทำให้ไม่สามารถจัดทำหรือปักหลักเขตแดนใหม่ได้ถูกต้องตามตำแหน่งที่ปักปันกันไว้แต่ดั้งเดิม
ค. การตกลงทำหนังสือสัญญาและอนุสัญญาว่าด้วยเขตแดนระหว่างไทยกับชาติมหาอำนาจในอดีตที่ผ่านมา ได้แก่ อังกฤษ และฝรั่งเศส ทำให้ไทยต้องเสียเปรียบและต้องตกอยู่ในภาวะจำยอม ทั้ง ๆ ที่ข้อตกลงว่าด้วยเขตแดนนั้น ๆ ไม่เป็นธรรม ดังเช่นแนวเขตแดนตามลำแม่น้ำโขงระหว่างสยามกับลาวของฝรั่งเศสในอดีตที่ระบุว่า "ตามลำน้ำโขงในตอนที่แยกออกมาเป็นหลายสายเพราะเกาะหรือดอนนั้นให้ถือร่องน้ำชิดฝั่งสยามที่สุดเป็นเส้นแบ่งเขตแดนระหว่างกรุงสยามกับอินโดจีนของฝรั่งเศสโดยไม่คำนึงถึงร่องน้ำลึกที่สุด" จึงทำให้เกาะหรือดอนทุกแห่งเป็นของลาวยกเว้นเกาะ ๘ เกาะ ที่ระบุไว้ในหนังสือสัญญาว่าเป็นของไทย
ง. แผนที่ที่ใช้ประกอบการพิจารณาในเรื่องของเส้นแบ่งเขตแดนระหว่างประเทศที่ตกทอดมาถึงปัจจุบันล้วนเป็นผลผลิตของประเทศมหาอำนาจในสมัยที่ทำข้อตกลงเรื่องแนวเขตแดนในอดีตทั้งสิ้น ดังนั้นบางครั้งการกำหนดแนวเขตแดนในหนังสือสัญญาและอนุสัญญาว่าด้วยเขตแดนมีความขัดแย้งในระหว่างข้อความในหนังสือดังกล่าวกับตำแหน่งของเส้นแบ่งเขตแดนที่ปรากฏในแผนที่ที่คณะกรรมการปักปันเขตแดนได้จัดทำขึ้น ดังเช่นกรณีปราสาทเขาพระวิหารซึ่งไทยต้องสูญเสียไปให้แก่กัมพูชาจากผลการตัดสินของศาลโลกเมื่อ พ.ศ. ๒๕๐๕ ซึ่งพิจารณาให้น้ำหนักกับแผนที่ที่ทางฝ่ายฝรั่งเศสเป็นผู้จัดทำขึ้นไว้เมื่อ พ.ศ. ๒๔๔๗
กรณีปัญหาเกี่ยวกับเส้นแบ่งเขตแดนระหว่างประเทศไทยกับประเทศเพื่อนบ้านในปัจจุบันมีอยู่หลายจุดถึงแม้จะไม่รุนแรงนักแต่ก็ควรมีการแก้ไขปัญหาให้หมดไปโดยเร็ว ปัญหาที่สำคัญได้แก่ ปัญหาตามแนวเขตแดนไทยกับกัมพูชาซึ่งหลักเขตแดนที่ได้มีการปักปันกันไว้สมัยที่ฝรั่งเศสปกครองกัมพูชาปรากฏว่าหลักเขตแดนบางแห่งได้ถูกทำลาย สูญหาย หรือชำรุด และบางจุดก็ถูกโยกย้ายจนไม่สามารถหาแนวเส้นแบ่งเขตแดนที่ถูกต้องกันได้ในภูมิประเทศ อีกทั้งบางส่วนของแนวเขตแดนยังไม่เคยมีการปักปันเขตแดนกันเลยก็มีโดยเฉพาะตั้งแต่ช่องบกที่จังหวัดอุบลราชธานีจนถึงช่องเกล (สะงำ) ที่จังหวัดสุรินทร์ ทางด้านไทย - ลาว ก็มีปัญหาสำคัญเกี่ยวกับเส้นแบ่งเขตแดนตามลำแม่น้ำโขงและปัญหาเกี่ยวกับบ้านร่มเกล้าหรือบริเวณต้นน้ำเหืองที่อำเภอชาติตระการ จังหวัดพิษณุโลก ด้านไทย - พม่า มีปัญหาสำคัญเกี่ยวกับเส้นแบ่งเขตแดนที่บริเวณด่านเจดีย์สามองค์ อำเภอสังขละบุรี จังหวัดกาญจนบุรี และปัญหาเกี่ยวกับเกาะ ๓ เกาะคือ เกาะคัน เกาะขี้นก และเกาะหลาม ที่ตั้งอยู่บริเวณปากแม่น้ำกระบุรี จังหวัดระนอง ว่าอยู่ในเขตไทยหรือเขตพม่าส่วนปัญหาด้านไทย - มาเลเซีย มีที่สำคัญ คือ ปัญหาหลักเขตแดนที่ ๖๙ - ๗๒ บริเวณต้นน้ำของแม่น้ำโกลกว่ามีตำแหน่งถูกต้องตามที่ระบุไว้ในสนธิสัญญาหรือไม่
นอกจากปัญหาเส้นแบ่งเขตแดนทางบกระหว่างประเทศไทยกับประเทศเพื่อนบ้านดังกล่าวมาแล้ว แนวเขตแดนทางทะเลก็มีปัญหาการทับซ้อนของเส้นแบ่งเขตไหล่ทวีปในอ่าวไทยระหว่างประเทศไทยกับประเทศกัมพูชา ประเทศเวียดนาม และประเทศมาเลเซีย ในปัจจุบันได้มีการเจรจาเพื่อกำหนดเส้นแบ่งเขตแดนที่แน่นอนและชัดเจนระหว่างประเทศไทยกับประเทศกัมพูชาและกับประเทศเวียดนามส่วนกับประเทศมาเลเซียนั้นได้มีข้อตกลงยินยอมให้ประเทศคู่กรณีใช้ประโยชน์จากทรัพยากรที่มีอยู่ในเขตทับซ้อนร่วมกันได้ ดังเช่นการขุดก๊าซธรรมชาติในอ่าวไทยส่วนที่เป็นเขตทับซ้อนระหว่างประเทศไทยกับประเทศมาเลเซีย ปัญหาข้อขัดแย้งในเรื่องเส้นแบ่งเขตแดนระหว่างประเทศไทยกับประเทศเพื่อนบ้านได้รับการพิจารณาแก้ไขมาโดยตลอดบางอย่างก็แก้ไขได้สำเร็จลุล่วงไปแล้วแต่บางอย่างยังคงต้องมีการเจรจากันต่อไป ความสำเร็จของการเจรจาขึ้นอยู่กับสัมพันธไมตรีที่ดีระหว่างประเทศคู่กรณีรวมทั้งการผ่อนปรนในเรื่องข้อเรียกร้องต่าง ๆ อย่างเป็นธรรมเพื่อให้บรรลุถึงข้อตกลงกันได้ด้วยความพอใจของทั้ง ๒ ฝ่าย