วิธีการเพิ่มผลผลิตมีอยู่หลายวิธีกล่าวโดยสรุปคือ
๑. เลือกชนิดปลาที่จะเลี้ยง
การเลือกชนิดปลาที่จะเลี้ยงเป็นส่วนหนึ่งของการเพิ่มผลผลิตนอกเหนือไปจากที่นำมาเลี้ยงตามสถานภาพความเหมาะสมของปลาแต่ละอย่าง
๑.๑ ระดับการผลิตตามสภาพทางนิเวศน์ที่จัดให้อาจจะได้ปริมาณคุณภาพและผลทางเศรษฐกิจในระดับต่าง ๆ กันตามชนิดของปลาและวิธีการเลี้ยง เช่น ในภูมิภาคซึ่งมีอุณหภูมิสูงสุดเพียง ๒๐ องศาเซลเซียส อาจจะเหมาะต่อการเลี้ยงปลาเมืองหนาว เช่น ปลาแซลมอนและปลาไน ในสภาวะดังกล่าวผลผลิตของปลาแซลมอนควรจะได้ ๑๖ กิโลกรัมต่อไร่ และผลผลิตปลาไน ๓๒ กิโลกรัมต่อไร่ โดยไม่ให้อาหารผลผลิตของปลาที่กินอาหารไม่เลือก เช่น ปลาหมอเทศจะได้ ๑๖๐–๒๕๔ กิโลกรัมต่อไร่ ปลากินแมลงจะได้ ๓๖–๙๐ กิโลกรัมต่อไร่ และปลากินเนื้อจะได้ ๑๓–๒๔ กิโลกรัมต่อไร่ การเลี้ยงปลากินพืชให้ผลผลิตเหนือปลาที่กินอาหารอย่างอื่นถ้าไม่มีการให้อาหารสมทบโดยทั่วไปแล้วผู้เลี้ยงปลาจะเลือกปลาชนิดโตเร็วมาเลี้ยงเพื่อให้ได้ผลผลิตสูง
๑.๒ การปล่อยปลาอย่างอื่นรวมกันปริมาณการผลิตจะได้สูงสุดหากเลี้ยงปลาที่กินอาหารที่มีห่วงโซ่อาหารสั้น เช่น ปลากินพืช ปลากินแพลงก์ตอน ปลากินอาหารไม่เลือกและปลากินเศษชีวอินทรีย์ที่เน่าเปื่อยหรือเป็นปลาที่กินอาหารสมทบที่หาง่ายราคาถูกและเป็นปลาที่อยู่ร่วมกับปลาอื่นได้ดีไม่แก่งแย่งอาหารและทำร้ายกันและกัน
๒. ควบคุมการปล่อยปลา
การปล่อยปลาจะต้องคำนึงถึงปริมาณที่จะปล่อยในอัตราพอดีเพื่อให้ได้ผลทางคุณภาพและปริมาณสูงสุดภายใต้สภาวะทางเศรษฐกิจที่ดีที่สุดการปล่อยปลาขึ้นอยู่กับกำลังผลิตและขนาดของบ่อกำลังผลิตทั้งหมดเท่ากับผลบวกของกำลังผลิตตามธรรมชาติรวมกับกำลังผลิตที่เกิดจากการใส่ปุ๋ยหมักและการให้อาหาร
๓. ควบคุมอุณหภูมิ
อุณหภูมิมีผลกระทบต่อการผลิตปลาและปริมาณของก๊าซออกซิเจนในน้ำการควบคุมในเรื่องนี้จะต้องพิจารณาถึงความลึกของบ่อ บ่อตื้นเกินไปอาจมีอุณหภูมิสูงในฤดูร้อน หรือเย็นจัดในฤดูหนาวฉะนั้นความลึกของบ่อควรจะอยู่ในระดับ ๒–๕ เมตร นอกจากจะควบคุมอุณหภูมิแล้วยังจะช่วยให้ปลามีเนื้อที่อยู่อาศัยเพิ่มมากขึ้น
๔. ปรับปรุงการสืบพันธุ์และการคัดพันธุ์
๔.๑ ควบคุมและปรับปรุงการสืบพันธุ์
ปลาบางชนิดขยายพันธุ์ง่ายในบ่อแต่บางชนิดไม่ขยายพันธุ์และบางชนิดแพร่พันธุ์รวดเร็วดังนั้นจึงควรมีมาตรการในการควบคุมและปรับปรุงด้วยวิธีการต่าง ๆ กล่าวคือ
๔.๑.๑ กระตุ้นให้วางไข่ปลาหลายชนิดวางไข่ยากหรือไม่วางไข่ในบ่อการผสมเทียมที่ค้นพบในศตวรรษที่ ๑๙ ทำให้การผสมเทียมปลาเทราต์และปลาแซลมอนได้เจริญก้าวหน้าและนำไปใช้ปฏิบัติในส่วนต่าง ๆ ของโลกและได้นำมาใช้กับการผสมเทียมและการเพาะฟักไข่ปลาชนิดต่าง ๆ อย่างแพร่หลายการใช้ฮอร์โมนจากต่อมใต้สมองของปลาฉีดกระตุ้นให้ปลาที่ไข่วางไข่ยากหรือไม่วางไข่ในบ่อทำให้ปลาวางไข่แพร่พันธุ์ได้
๔.๑.๒ ระวังการขยายพันธุ์ปลาบางชนิดขยาย พันธุ์รวดเร็ว เช่น ปลาหมอเทศทำให้ปลามีจำนวนมากและขนาดเล็กการแก้ไขด้วยวิธีเลี้ยงปลาเพศเดียวหรือเลี้ยงปลาลูกผสมที่เป็นหมันจะช่วยระงับการแพร่พันธุ์ของปลาดังกล่าว
การเปลี่ยนเพศปลาโดยใช้ฮอร์โมนเพศผู้หรือเมทิลเทสทอสเทอโรนผสมอาหารเลี้ยงปลาในอัตรา ๖๐, ๔๐ และ ๒๐ มิลลิกรัม จะเปลี่ยนเพศลูกปลานิลอายุ ๓–๔ สัปดาห์ เป็นเพศผู้ได้ร้อยละ ๘๔.๕, ๘๑.๐ และ ๗๒.๐ ฮอร์โมนเพศผู้ดังกล่าวสามารถนำไปใช้เปลี่ยนเพศปลาในสกุลปลาหมอเทศชนิดต่าง ๆ ได้ผลดี
๔.๒ การคัดพันธุ์
การคัดพันธุ์จะช่วยเพิ่มผลผลิตเป็นที่ทราบกันดีว่าลูกปลาที่เกิดในครอกเดียวกันจะเจริญเติบโตผิดแผกแตกต่างกันการคัดเอาลูกที่โตดีและนำไปผสมกับลูกปลาครอกอื่นที่โตดีหลาย ๆ ชั่วเราก็จะได้พันธุ์ที่เจริญเติบโตดีขึ้นนอกจากนั้นยังมีการคัดพันธุ์เพื่อให้ได้ลักษณะตามที่ต้องการ เช่น มีสีต่าง ๆ มีเกล็ดมากน้อยหรือไม่มีเลยมีรูปร่างยาวหรือป้อมสั้นมีความต้านทานโรควางไข่ช้าหรือเร็วกว่าปกติและที่สำคัญก็คือการเจริญเติบโตรวดเร็ว
๕. เลี้ยงปลาต่างชนิดและต่างอายุรวมกัน
การเลี้ยงปลาหลายชนิดและต่างอายุในบ่อเดียวกันนั้นนิยมปฏิบัติกันอย่างกว้างขวางโดยเฉพาะอย่างยิ่งการเลี้ยงปลาจีนจุดประสงค์ในการเลี้ยงปลาแบบดังกล่าวก็เพื่อจะปรับปรุงผลผลิตทั้งทางปริมาณคุณภาพของปลาการเลี้ยงปลาแบบนี้อาจจะทำได้หลายทางด้วยกันคือ
(๑) เลี้ยงปลาชนิดเดียวแต่มีหลายกลุ่มอายุ
(2) เลี้ยงปลาหลาชนิดที่กินอาหารต่างกันและไม่กินกัน
(3) เลี้ยงปลาไม่กินเนื้อขนาดเล็ก
(4) เลี้ยงปลาไม่กินเนื้อมีลูกดกกับปลากินเนื้อเพื่อควบคุมไม่ให้มีจำนวนมาก
(5) เลี้ยงปลาไม่กินเนื้อรวมกับปลากินเนื้อเพื่อใช้ปลาที่ไม่กินเนื้อเป็นอาหาร
๖. การผลิตติดต่อสืบเนื่องกันตลอดปี
ในภูมิอากาศร้อนการเจริญเติบโตของปลาเป็นไปตลอดทั้งปีผิดกับในภูมิอากาศหนาวซึ่งมีช่วงระยะเวลาการเจริญเติบโตสั้นฉะนั้นการเลี้ยงปลาในบ่อในภูมิอากาศร้อนจึงสามารถดำเนินการติดต่อกันไปตลอดปีและถ้าเป็นปลาที่มีขนาดเล็กอาจจะเลี้ยงได้ ๒–๓ รุ่น เช่น การเลี้ยงปลาดุกซึ่งให้ผลผลิตสูงกว่าปกติมาก
๗. การเลี้ยงปลารวมกับสัตว์อื่น
๗.๑ การเลี้ยงปลากับเป็ด
การเลี้ยงเป็ดควบคู่ไปกับการเลี้ยงปลาเป็นวิธีที่นิยมปฏิบัติกันในจีนและยุโรปเป็นศตวรรษมาแล้ว เช่น การเลี้ยงเป็ดควบคู่กับปลาไนมูลเป็ดจะช่วยเพิ่มผลผลิตอาหารธรรมชาติในบ่อปลาเป็ดตัวหนึ่ง ๆ จะช่วยเพิ่มผลผลิตปลา ๐.๙–๑.๗ กิโลกรัม ซึ่งเป็นผลผลิตค่อนข้างสูง
การเลี้ยงเป็ดควบคู่กับการเลี้ยงปลาให้ประโยชน์หลายทางด้วยกันกล่าวคือ
(๑) เป็ดจะถ่ายมูลลงในบ่อทำให้เกิดเป็นปุ๋ยในน้ำและในดินก้นบ่อก่อให้เกิดแพลงก์ตอนและสัตว์หน้าดิน
(๒) เป็ดที่หากินบริเวณที่ตื้นชายตลิ่งจะช่วยกำจัดวัชพืชในบ่อ
(๓) การขุดคุ้ยดังกล่าวจะช่วยให้อาหารธาตุที่มีอยู่ในดินละลายในน้ำทำให้เกิดผลผลิตอาหารธรรมชาติ
(๔) อาหารที่ใช้เลี้ยงเป็ดเมื่อตกลงในน้ำปลาจะกินเป็นอาหารจะมีเหลือบางส่วนที่จะกลายเป็นปุ๋ย
(๕) เป็ดจะช่วยกำจัดหอยซึ่งเป็นตัวนำโรคพยาธิบางอย่าง
๗.๒ การเลี้ยงปลากับหมู
นิยมสร้างคอกหมูไว้กับบ่อปลาที่เลี้ยงรวมกันหลายชนิด ได้แก่ ปลาเฉา ปลาลิ่น ปลาเฉาดำและปลาไน ผลผลิตปลาจากวิธีการเลี้ยงดังกว่าวจะได้ ๔๘๐–๑,๑๐๐ กิโลกรัมต่อไร่ ในไต้หวันเลี้ยงปลาจีนหลายชนิดรวมกันและเลี้ยงหมู ๑๗ ตัวในเนื้อที่ ๑ ไร่ ได้ผลผลิตปลา ๘๐๐–๘๖๐ กิโลกรัม ผลผลิตดังกล่าวใกล้เคียงกับผลผลิตปลาในบ้านเรา
ตามปกติการเลี้ยงหมูควบคู่กับปลานั้นควรจะเลี้ยงในอัตรา ๓–๔ ตัวต่อเนื้อที่บ่อปลา ๑ ไร่ หมูตัวหนึ่งจะให้มูล ๑.๖–๑.๘ ตันต่อปี และมูลหมู ๑๐๐ กิโลกรัม ให้ผลผลิตปลาไน ๓–๕ กิโลกรัม
๗.๓ การเลี้ยงปลากับสัตว์น้ำอื่น ๆ
การเลี้ยงปลารวมกับหอย กุ้ง กบและพวกสัตว์เลื้อยคลาน เช่น ตะพาบน้ำเป็นวิธีการเพิ่มผลผลิตและเกิดประโยชน์ในทางเศรษฐกิจ
๘. จับปลาออกเป็นระยะ
การจับปลาออกเป็นระยะมีความจำเป็นสำหรับบ่อที่ปลาหนาแน่นและเมื่อผลผลิตถึงขั้นสูงสุดซึ่งจะสังเกตได้จากการเจริญเติบโตของปลาไม่เพิ่มขึ้นพอถึงขั้นนี้จะต้องจับเอา ปลาบางส่วนออกเพื่อให้มีจำนวนเบาบางลง ลาที่เหลืออยู่ก็เจริญเติบโตต่อไปเมื่อปลาโตถึงขั้นที่ให้ผลผลิตสูงสุดก็จับออกวิธีการดังกล่าวจะรักษาระดับผลผลิตสูงสุดของบ่อ ในกรณีที่ปล่อยปลาหลายชนิดหรือหลายกลุ่มอายุร่วมกันการจับปลาออกเป็นระยะอาจจับเอาตัวโตที่ได้ขนาดตามตลาดต้องการออกก่อนและทิ้งตัวที่ยังเล็กอยู่ในบ่อให้เจริญเติบโตต่อไป
๙. ควบคุมโรค
ผลผลิตของปลาจะได้มากหรือน้อยขึ้นอยู่กับสุขภาพของปลาที่เลี้ยงโรคและพยาธิที่เกิดขึ้นกับปลาและพยาธิที่เกาะอาศัยทั้งภายในและภายนอกจะทำให้ปลาอ่อนแอไม่เจริญเติบโตและตายในที่สุดโรคบางอย่างอาจจะระบาดเร็วทำให้ปลาตายทั้งบ่อในระยะเวลาอันสั้นการควบคุมและป้องกันโรคพยาธิต่าง ๆ จึงมีส่วนสำคัญต่อผลผลิตของปลาการป้องกันโรคพยาธิก็คือให้ปลามีสุขภาพดีด้วยการให้อาหารสมบูรณ์และหมั่นถ่ายเทน้ำเสมอ