หากพูดถึงการจัดหมวดหมู่ของสิ่งมีชีวิต ไม่ว่าจะเป็นสัตว์ พืช หรือสิ่งมีชีวิตขนาดเล็กอื่น ๆ สิ่งที่เราจะได้ยินอยู่บ่อยครั้ง ก็คือคำว่า สปีชีส์ ซึ่งเป็นคำทับศัพท์ หมายถึง ชนิด สปีชีส์เป็นหน่วยที่ใช้จำแนกชั้นอันดับและอนุกรมวิธาน (Taxonomy) ของสิ่งมีชีวิต โดยไล่เรียงแบบคร่าว ๆ จาก อาณาจักร (Kingdom) ซึ่งใหญ่ที่สุด แล้วจึงไล่เรียงไปเป็น ไฟลัม (Phylum) หรือ ดีวิชัน (Division) หมายถึง ตอนหรือส่วน, ชั้น (Class), อันดับหรือตระกูล (Order), วงศ์ (Family), สกุล (Genus) และสุดท้ายที่มักรู้จักกันคือ สปีชีส์หรือชนิด (Species) ซึ่งการจัดเรียงอย่างเป็นหมวดหมู่นี้ ทำให้เราเห็นความสัมพันธ์ของสิ่งมีชีวิตต่าง ๆ ที่อยู่บนโลกได้ง่ายขึ้นว่า ชนิดใดมีความใกล้เคียงกับชนิดใดอย่างแท้จริงบ้าง เพราะสิ่งมีชีวิตบางชนิดแม้หน้าตาคล้ายคลึงกันแต่ไม่ได้มีความใกล้เคียงกันทางชีววิทยาและไม่ได้มีบรรพบุรุษร่วมกันแต่อย่างใด
การจัดหมวดหมู่สิ่งมีชีวิตโดยไม่มีอนุกรมวิธานเป็นเรื่องที่เป็นไปไม่ได้เลย อนุกรมวิธานมีรากศัพท์มาจากคำภาษากรีกที่แปลว่า การจัดเรียง (Arrangement ) และวิธี (Method) ซึ่งเป็นศาสตร์ที่นำมาใช้ในการจัดเรียงกลุ่มสิ่งมีชีวิต การจำแนกหรือการใช้อนุกรมวิธานจัดหมวดหมู่ในแบบปัจจุบันอ้างอิงมาจากระบบของคาโรลัส ลินเนียส (Carolus Linnaeus) นักพฤกษศาสตร์ชาวสวีเดนผู้จัดกลุ่มสปีชีส์ต่าง ๆ โดยดูจากลักษณะเฉพาะทางกายภาพ จุดเริ่มต้นจากความพยายามเดินตามรอยพ่อของเขาซึ่งเป็นครูสอนศาสนา ไม่ได้ปลุกไฟแห่งความใฝ่รู้เหมือนพฤกษศาสตร์ เขาจึงเบนเข็มไปศึกษาเกี่ยวกับพฤกษศาสตร์ ก่อนจะมีความคิดที่จะจัดหมวดหมู่จำแนกเพศของพืช และมีโอกาสได้เดินทางไปยังสถานที่ต่าง ๆ โดยเริ่มจัดกลุ่มของพืชและสัตว์เป็นกลุ่มเล็ก ๆ และกลายเป็นรากฐานในปัจจุบัน การจัดกลุ่มนี้ได้มีการปรับปรุงเพื่อให้สอดคล้องกับหลักดาร์วินอยู่เสมอด้วย
การจัดกลุ่มสิ่งมีชีวิตว่าอยู่ในกลุ่มชนิดเดียวกันหรือต่างกันในปัจจุบัน ยึดถือตาม Biological Species Concept หรือ BSC ซึ่งเป็นแนวคิดที่ลงรายละเอียดลึกไปมากกว่าการจัดหมวดหมู่ เอิร์นส์ เมเยอร์ (Ernst Mayr ) นักชีววิทยาแถวหน้าคนหนึ่งของยุคปัจจุบัน กล่าวว่า สิ่งมีชีวิตจะอยู่ในสปีชีส์หรือเป็นชนิดเดียวกันหากมันผสมพันธุ์กันและมีลูกที่ไม่เป็นหมัน หากไม่สามารถทำได้แล้วแปลว่าสิ่งมีชีวิตทั้งสองชนิดอยู่คนละสปีชีส์กัน กล่าวคือพวกมันมีความแตกต่างกันมากจนเข้ากันไม่ได้ในระดับยีนอีกต่อไป เรียกว่า Reproductively Isolated
แม้ว่ามันจะดูสมเหตุสมผลและสามารถทดสอบและได้ผลชัดเจนแน่นอน หากมันก็ยังมีข้อยกเว้นบางประการอยู่ ยกตัวอย่างเช่น กรณีของสิ่งมีชีวิตที่ตายไปแล้วอย่างไดโนเสาร์ เพราะเรารู้จัก มันจากซากฟอสซิล และเราก็ไม่สามารถทำให้มันกลับมามีชีวิตและจับคู่ผสมพันธุ์ เพื่อทดสอบว่ามันเป็นกลุ่มชนิดเดียวกันได้ แต่เรายังมีกระบวนการหรือแนวคิดอื่น ๆ อีกที่ใช้ในการจัดกลุ่มหรือลำดับสิ่งมีชีวิต เช่น Morphology หรือการเปรียบเทียบโดยใช้ลักษณะสัณฐานวิทยา หรือการใช้รูปร่างเป็นหลักในการจัดกลุ่ม ซึ่งเราสามารถใช้แนวคิดนี้จัดหมวดหมู่สิ่งมีชีวิตต่าง ๆ ที่พบในฟอสซิลได้
นอกจากนี้ยังมีกรณีของสิ่งมีชีวิตขนาดเล็ก (Microorganism) ซึ่งหลายชนิดไม่ได้สืบพันธุ์โดยอาศัยเพศ นั่นหมายความว่าเราไม่สามารถทำการทดสอบเพื่อยืนยันความเหมือนหรือแตกต่างของสปีชีส์ได้ แต่พวกมันสามารถแลกเปลี่ยนหน่วยพันธุกรรมระหว่างกัน สิ่งนี้ทำให้มันสามารถวิวัฒนาการและปรับเปลี่ยนตัวเองให้เข้ากับสภาพแวดล้อมได้ แต่การแลกเปลี่ยนชุดของยีนไม่ได้เป็นส่วนหนึ่งของการสืบพันธุ์ สิ่งที่เกิดขึ้นกับแบคทีเรียนี้ทำให้นักวิทยาศาสตร์ไม่สามารถใช้ BSC ในการกำหนดกลุ่มชนิดของแบคทีเรียได้ แม้ว่าเรามักจะคิดถึงสิ่งมีชีวิตที่อาจจะเคยมีบรรพบุรุษร่วมกัน แต่วิวัฒนาการ กาลเวลา ภูมิศาสตร์ ลักษณะนิสัย อาจจะทำให้เกิดความแตกต่างของสปีชีส์มากขึ้น จนพวกมันไม่สามารถเข้าคู่หรือผสมพันธุ์กันได้และกลายเป็นสิ่งมีชีวิตต่างชนิดกันไป