เมื่อพิจารณาด้านการนำมาใช้ปรับปรุงดินเลวให้เป็นดินดีนั้น ทั้งปุ๋ยอินทรีย์ และปุ๋ยเคมีต่างก็มีข้อได้เปรียบ และเสียเปรียบ ซึ่งพอสรุปได้ดังนี้
๑. ช่วยปรับปรุงดินให้ดีขึ้นโดยเฉพาะคุณสมบัติทางฟิสิกส์ของดิน เช่น ความโปร่ง ความร่วนซุย ความสามารถในการอุ้มน้ำ และธาตุอาหารพืชของดินดีขึ้น ข้อดีข้อนี้ปุ๋ยอินทรีย์ทำได้แต่ผู้เดียว ปุ๋ยเคมีไม่สามารถทำได้
๒. อยู่ในดินได้นานและค่อย ๆ ปลดปล่อยธาตุอาหารพืชอย่างช้า ๆ
๓. เมื่อใช้ร่วมกับปุ๋ยเคมีจะส่งเสริมปุ๋ยเคมีให้เป็นประโยชน์แก่พืชอย่างมีประสิทธิภาพยิ่งขึ้น
๔. ส่งเสริมให้จุลินทรีย์ในดินโดยเฉพาะพวกที่มีประโยชน์ต่อการบำรุงดินให้ทำงานอย่างมีประสิทธิภาพยิ่งขึ้น
๑. มีปริมาณธาตุอาหารพืชต่ำ
๒. ใช้เวลานานกว่าปุ๋ยเคมีในการปลดปล่อยธาตุอาหารที่จะเป็นประโยชน์ให้แก่พืช
๓. ราคาแพงกว่าปุ๋ยเคมี เมื่อคิดเทียบในแง่ราคาต่อหน่วยน้ำหนักของธาตุอาหารพืช
๔. หายากพิจารณาในแง่เมื่อต้องการเป็นปริมาณมาก
๑. มีปริมาณธาตุอาหารต่อหน่วยน้ำหนักของปุ๋ยสูง ใช้ปริมาณเพียงเล็กน้อยก็พอ
๒. ราคาถูกเมื่อคิดเป็นราคาต่อหน่วยน้ำหนักของธาตุอาหารประกอบกับการขนส่งและเก็บรักษาสะดวกมาก
๓. หาได้ง่ายถ้าต้องการเป็นปริมาณมากก็สามารถหามาได้เพราะเป็นผลิตผลที่ผลิตได้จากกระบวนการผลิตในโรงงานอุตสาหกรรม
๔. ให้ผลทางด้านธาตุอาหารเร็วกว่าปุ๋ยอินทรีย์
๑. ปุ๋ยเคมีไม่มีคุณสมบัติปรับปรุงสภาพทางฟิสิกส์ของดิน กล่าวคือไม่ทำให้ดินโปร่งร่วนซุยเหมือนปุ๋ยอินทรีย์
๒. ปุ๋ยไนโตรเจนในรูปแอมโมเนียมถ้าใช้เป็นปริมาณมากและติดต่อกันเป็นระยะเวลานาน ๆ จะทำให้ดินเป็นกรดเพิ่มขึ้นจำเป็นต้องใช้ปูนช่วยแก้ความเป็นกรดของดิน
๓. ปุ๋ยเคมีทุกชนิดมีความเค็ม ถ้าใช้ในอัตราสูงหรือใส่ที่โคนต้นพืชจะเกิดอันตรายแก่พืชและการงอกของเมล็ดการใช้จึงต้องระมัดระวัง
๔. ผู้ใช้ต้องมีความรู้ ความเข้าใจเรื่องปุ๋ยเคมีพอสมควรมิฉะนั้นอาจมีผลเสียหายต่อพืชและต่อภาวะเศรษฐกิจของผู้ใช้ (ทำให้ขาดทุนได้)
ดังนั้นจะเห็นว่าตามที่ได้กล่าวมานี้ ปุ๋ยเคมีและปุ๋ยอินทรีย์ควรจะมีบทบาทร่วมกันและสนับสนุนส่งเสริมกันที่จะสร้างผลประโยชน์ที่ดีที่สุดในแง่ความอุดมสมบูรณ์ของดินมากกว่าที่จะเป็นคู่แข่งขันกันที่เกษตรกรจะต้องตัดสินใจเลือกเอาการใช้อย่างใดอย่างหนึ่งการใช้ปุ๋ยเคมีร่วมกับปุ๋ยอินทรีย์ดีที่สุดและควรเป็นนโยบายที่สำคัญในการใช้ปุ๋ยอย่างมีประสิทธิภาพ