ด้วยเหตุว่าอัญมณีส่วนใหญ่จะเป็นแร่ชนิดต่าง ๆ ดังนั้นการตรวจจำแนกประเภทและการจัดแบ่งชนิดอัญมณีจึงมีความสัมพันธ์เกี่ยวข้องกับการตรวจจำแนกชนิดแร่อย่างหลีกเลี่ยงไม่ได้ อัญมณีแต่ละประเภทแต่ละชนิดที่เป็นแร่นั้นต่างก็มีคุณสมบัติทางเคมี ทางกายภาพ ทางแสง เฉพาะตัว และปกติจะคงที่ ดังนั้นการวัดหาค่าและตรวจสอบคุณสมบัติต่าง ๆ นี้ให้ถูกต้องแม่นยำโดยใช้เครื่องมือที่มีประสิทธิภาพจึงเป็นสิ่งจำเป็นและเป็นประโยชน์มากทั้งยังให้แนวทางที่เป็นไปได้ในการตรวจจำแนกประเภทและชนิดอัญมณีได้อย่างถูกต้อง แม้ว่านักแร่วิทยาและนักอัญมณีจะใช้วิธีการตรวจจำแนก และเครื่องมือหลายชนิดที่คล้ายคลึงกันแต่ก็ยังมีความแตกต่างในลักษณะพื้นฐานวิธีการ การตรวจสอบอัญมณีซึ่งเป็นส่วนสำคัญที่สุดในวิชา "อัญมณีศาสตร์" คือ การใช้วิธีการทางวิทยาศาสตร์ที่เป็นการรวบรวมข้อมูลหลักฐานที่ได้จากการปฏิบัติการทดสอบที่เหมาะสมเพียงพอสำหรับการสรุปผลที่จะจำแนกประเภทของอัญมณีและจัดแบ่งอัญมณีนั้นได้เป็นชื่อและชนิดแร่ตามลำดับ โดยมีวิธีการ ซึ่งไม่เหมือนกับวิธีการหลาย ๆ อย่างในการตรวจแร่ เป็นต้นว่าถูกจำกัดขั้นตอนต่าง ๆ ในการตรวจสอบต้องมีความสมบูรณ์ความรวดเร็วในการตัดสินวิเคราะห์และต้องไม่ทำให้อัญมณีเกิดความเสียหาย นอกจากนี้ขั้นตอนต่าง ๆ ของการตรวจจำแนกชนิดอัญมณีต่าง ๆ อย่างถูกต้องนั้นจำเป็นจะต้องประยุกต์ใช้ความรู้ทางวิชาอัญมณีศาสตร์เข้าช่วยด้วย เช่น ค่าดัชนีหักเหของแสง สีแฝด การดูดกลืนแสง ความถ่วงจำเพาะ และลักษณะตำหนิมลทินภายในต่าง ๆ เป็นต้น รวมทั้งการแปลความหมายที่ถูกต้องจากข้อมูลที่ได้จากการทดสอบด้วยเครื่องมืออัญมณีศาสตร์ที่เหมาะสม อย่างไรก็ตามประสิทธิภาพในการตรวจสอบอัญมณีนั้นจะมีความสัมพันธ์โดยตรงกับประสบการณ์และความรู้ความสามารถของผู้ตรวจ