ชุดคำสั่งใช้งานเป็นชุดคำสั่งที่ทำขึ้นมา เพื่องานนั้นๆ อาจจะเป็นชุดคำสั่งสำเร็จรูป (package program) หรือชุดคำสั่งที่เขียนขึ้นเฉพาะงานที่เรียกว่า ชุดคำสั่งของผู้ใช้ (user's program) จึงนับเป็นชุดคำสั่งทำงานจริงๆ ของคอมพิวเตอร์ เช่น การคำนวณ การทำรายงานการเงิน และการทำสถิติของประชากร เป็นต้น
๑. ชุดคำสั่งสำเร็จรูป เป็นชุดคำสั่งที่เราสามารถนำไปใช้งานได้ทันที หรือปรับปรุงเล็กน้อยก็ใช้งานได้ ชุดคำสั่งเหล่านี้เป็นชุดคำสั่ง ที่ผู้อื่นได้ทำไว้แล้ว เราอาจจะต้อง ซื้อ เช่า ยืม หรือขอเขามา ในปัจจุบันมีผู้พัฒนาชุดคำสั่งสำเร็จรูป สำหรับใช้กับเครื่องไมโครคอมพิวเตอร์เป็นจำนวนมาก เช่น ชุดคำสั่งสำเร็จรูปสำหรับงานบริหารฐานข้อมูล (data base management) ชุดคำสั่งสำเร็จรูปสำหรับงานคำนวณ (calculation) ชุดคำสั่งสำเร็จรูปสำหรับงานพิมพ์ (word processing) ชุดคำสั่งสำเร็จรูปสำหรับงานด้านบัญชี (accounting) และชุดคำสั่งสำเร็จรูปสำหรับงานควบคุมสินค้าคงคลัง (inventory) เป็นต้น
๒. ชุดคำสั่งของผู้ใช้ เป็นชุดคำสั่งที่ผู้ใช้งานพัฒนาขึ้นมาเอง ผู้ใช้งานอาจเขียนชุดคำสั่งเป็นภาษา แอสเซมเบลอร์ ฟอร์แทรน โคบอล พี แอลวัน อาร์พีจี ดาตาเบส หรือภาษาอื่นๆ ทั้งนี้ขึ้นกับนโยบายการดำเนินงาน หรือขึ้นกับประเภทของงานและความชำนาญ ของผู้ที่จะเขียน การเขียนชุดคำสั่งหนึ่งๆ อาจจะใช้เวลาตั้งแต่ประมาณ ๒-๓ ชั่วโมง ไปจนถึง ๓-๔ ปี บางประเภทต้องใช้คนร่วมกันเป็นสิบ หรือเป็นร้อยคน ในการพัฒนาชุดคำสั่งขึ้นมาใช้งานเพียงประเภทเดียว