การศึกษาซากดึกดำบรรพ์ช่วยให้เราเรียนรู้ประวัติและวิวัฒนาการของสิ่งมีชีวิตซึ่งมีการสูญพันธุ์และมีการเกิดขึ้นใหม่มาทดแทนรวมทั้งช่วยให้เราทราบประวัติความเป็นมาของโลกว่ามีเหตุการณ์ใด เกิดขึ้นในช่วงเวลาใด โดยสรุปอาจกล่าวถึงประโยชน์ของซากดึกดำบรรพ์ได้ดังนี้
เนื่องจากสิ่งมีชีวิตเกิดขึ้นมาและสูญพันธุ์ไปตลอดเวลา ตารางเวลาทางธรณีวิทยาจึงใช้หลักฐานการเกิดขึ้นและการสูญพันธุ์ของสิ่งมีชีวิตเป็นเกณฑ์กำหนดอายุของชั้นหิน โดยแต่ละมหายุคสิ้นสุดลงด้วยการสูญพันธุ์ครั้งใหญ่ของสิ่งมีชีวิตบนโลกและแต่ละยุคสิ้นสุดโดยมีเหตุการณ์การสูญพันธุ์และการเกิดใหม่ของสิ่งมีชีวิตบางชนิด โดยบางชนิดมีจำนวนมากและแพร่กระจายอยู่ทั่วไปแต่ดำรงชีวิตอยู่ในโลกในช่วงระยะเวลาอันสั้นจึงสามารถช่วยกำหนดอายุของชั้นหินได้ดี เราเรียกว่า ซากดึกดำบรรพ์ดัชนี (Index fossil) เช่น ฟิวซูลินิด (fusulinid) ที่ดำรงชีวิตอยู่ในช่วงยุคคาร์บอนิเฟอรัสถึงยุคเพอร์เมียนเท่านั้น
สิ่งมีชีวิตที่มีอายุเก่ากว่าจะตกทับถมอยู่ในหินชั้นล่างและสิ่งมีชีวิตที่มีอายุใหม่กว่าจะตกทับถมอยู่ในหินชั้นบน ดังนั้นเมื่อพบซากดึกดำบรรพ์อายุเก่ากว่าแสดงว่าชั้นหินนั้นเกิดก่อนชั้นหินที่มีซากดึกดำบรรพ์ที่อายุใหม่กว่า
ชั้นหินที่มีลักษณะคล้ายคลึงกันและมีซากดึกดำบรรพ์ชนิดเดียวกัน แม้ว่าพบในบริเวณที่ต่างกันก็ถือว่าชั้นหินทั้งสองแหล่งเกิดขึ้นในช่วงเวลาเดียวกันและเกิดในสภาพแวดล้อมของการสะสมตะกอนลักษณะเดียวกัน
เช่น สาหร่ายทะเลที่ฝังอยู่ในหินกักเก็บน้ำมันสามารถช่วยให้เราสำรวจหาปิโตรเลียมได้อย่างมีประสิทธิภาพและประหยัดค่าใช้จ่าย
เช่น การค้นพบซากเอปซึ่งเป็นลิงขนาดใหญ่ ไม่มีหาง ลักษณะคล้ายคลึงกับอุรังอุตังในปัจจุบัน ที่อำเภอเชียงม่วน จังหวัดพะเยา และที่อำเภอเฉลิมพระเกียรติ จังหวัดนครราชสีมา ทำให้สันนิษฐานได้ว่าประเทศไทยอาจเป็นแหล่งกำเนิดและวิวัฒนาการของอุรังอุตังมาตั้งแต่สมัยไมโอซีน เมื่อราว ๑๓ ล้านปีมาแล้ว
การศึกษาชนิดของซากดึกดำบรรพ์รวมทั้งชนิดของหินที่มีซากดึกดำบรรพ์ แล้วนำมาเปรียบเทียบกับสิ่งมีชีวิตปัจจุบันทำให้เราสามารถแปลความหมายสภาพแวดล้อมและสภาพภูมิอากาศในอดีตได้ เนื่องจากสิ่งมีชีวิตมีความสัมพันธ์กับปัจจัยแวดล้อมต่าง ๆ เช่น ชนิดและสมบัติของตะกอน อุณหภูมิ ปริมาณของออกซิเจน และแสงสว่าง ดังนั้นถ้าพบซากปะการังในหินปูนเราสามารถบอกได้ว่าบริเวณนั้นเคยเป็นทะเลมาก่อน เนื่องจากหินปูนเป็นหินที่เกิดจากการตกตะกอนทางเคมีของสารละลายคาร์บอเนตซึ่งส่วนใหญ่เกิดในทะเล ซากปะการังจึงบอกให้ทราบว่าเป็นทะเลน้ำตื้น น้ำใส แสงแดดส่องถึง และมีอุณหภูมิอบอุ่น ทั้งนี้โดยเปรียบเทียบกับสภาพแวดล้อมของปะการังปัจจุบัน
เนื่องจากเปลือกโลกมีการเคลื่อนที่อยู่ตลอดเวลา ดังนั้นการค้นพบว่าซากไดโนเสาร์ยุคครีเทเชียสหลายชนิดในประเทศไทยเป็นไดโนเสาร์กลุ่มเดียวกับที่พบในประเทศจีน ทำให้สันนิษฐานได้ว่า แผ่นดินฉาน - ไทย ซึ่งเคลื่อนที่มาจากทางใต้ได้ชนกับแผ่นดินอินโดจีนแล้วในช่วงปลายมหายุคมีโซโซอิก