ยาสูบได้รับการจัดลำดับทางพฤกษศาสตร์ ดังนี้
วงศ์
ยาสูบเป็นพืชในวงศ์โซลานาซีอี (Solanaceae) เช่นเดียวกับมะเขือเทศ พริก มันฝรั่ง ผักต่าง ๆ ฯลฯ
สกุล
ยาสูบอยู่ในสกุลนิโคเทียน่า (Nicotiana)
ชนิด
มีบ้างที่ปลูกพันธุ์รัสติกา ยาสูบที่ปลูกกันทั่วไปมีมากกว่า ๖๐ พันธุ์ หรือ ๖๐ ชนิด แต่ที่ปลูกเป็นการค้าเกือบทั้งหมดเป็นพันธุ์ทาบาคัม (tabacum)(rustica) ทางแถบยุโรปตะวันออก และเอเชียไมเนอร์
ธรรมชาติของยาสูบแตกต่างจากพืชอื่น ใบของยาสูบมีสารประกอบไนโตรเจนหมู่หนึ่ง
ที่เรียกว่า "แอลคาลอยด์" ซึ่งมีนิโคตินเป็นส่วนใหญ่ นิโคตินเป็นองค์ประกอบที่ทำให้เกิดลักษณะเฉพาะตัวของยาสูบ หรืออาจกล่าวได้ว่า นิโคตินคือ ยาสูบ ต้นยาสูบจะผลิตสารนิโคตินที่ราก แล้วส่งไปเก็บไว้ที่ใบ ดังนั้นถ้าต้นยาสูบมีรากมาก ก็มีแนวโน้มที่จะผลิตสารนิโคตินได้มากตามไปด้วย
ใบยาเหล่านี้เมื่อเกิดการเผาไหม้ จะทำให้เกิดสารประกอบต่าง ๆ อีกจำนวนมาก ทำให้เกิดกลิ่น
สี และรสต่าง ๆ ความหอม และความฉุน ซึ่งแตกต่างกันไปตามประเภทของยาสูบ ใบยาแต่ละประเภทจะมีปริมาณสารประกอบเคมี ที่ทำให้เป็นลักษณะเด่นแตกต่างกันเช่น
• ใบยาบ่มไอร้อน (เวอร์ยิเนีย) มีปริมาณน้ำตาลสูง นิโคตินปานกลาง
• ใบยาเบอร์เลย์ มีปริมาณไนโตรเจนและนิโคตินสูง น้ำตาลต่ำ
• ใบยาเตอร์กิช มีปริมาณสารหอมระเหยสูง
จากความแตกต่างของปริมาณสารประกอบ เป็นเหตุผลหนึ่งที่อุตสาหกรรมผลิตบุหรี่ จำเป็นต้องผสมใบยาประเภทต่าง ๆ เข้าด้วยกัน ตามสัดส่วน เพื่อให้ได้กลิ่นและรสเป็นที่พอใจของผู้สูบ อย่างไรก็ดี ใบยาสูบทุกประเภท หากนำมาสังเคราะห์องค์ประกอบเคมีต่าง ๆ จะได้เหมือนกันหมด เพียงแต่มีปริมาณแตกต่างกันเท่านั้น นอกจากนี้ระดับความแก่สุกของใบยา และตำแหน่งของ
ใบบนลำต้น เช่น ใบยาส่วนยอด ส่วนกลาง และส่วนล่าง ก็มีส่วนทำให้องค์ประกอบทางเคมี
และคุณสมบัติอื่น ๆ เช่น กลิ่นและรสแตกต่างกันด้วย