วัดโพธิ์นี้เป็นวัดเก่าที่มีมาตั้งแต่สมัยอยุธยามีชื่อเต็ม ๆ ว่า “วัดโพธาราม” แต่เมื่อเรียกเร็ว ๆ เข้าชื่อก็หดสั้นลงเหลือเพียง “วัดโพธิ์” เมื่อครั้งที่พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราชขึ้นครองราชย์แล้วได้ทรงทำนุบำรุงวัดวาอารามต่าง ๆ และทรงเห็นว่า วัดโพธารามนี้แม้จะอยู่ใกล้พระบรมมหาราชวังแต่ก็มีสภาพที่ทรุดโทรมมากจึงโปรดเกล้าฯ ให้มีการบูรณปฏิสังขรณ์ขึ้นใหม่ ใน พ.ศ. ๒๓๓๑
ครั้นต่อมาในรัชกาลที่ ๓ พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้โปรดเกล้าฯ ให้บูรณปฏิสังขรณ์วัดพระเชตุพนขึ้นอีกครั้งหนึ่งและให้รวบรวมเลือกสรรตำรับตำราต่าง ๆ จารึกบนแผ่นศิลาประดับไว้ในบริเวณต่าง ๆ ของวัด มีรูปเขียนและรูปปั้นประกอบตำรานั้น ๆ แต่ที่รู้จักกันอย่างแพร่หลาย คือ รูปปั้นฤาษีดัดตนในท่าต่าง ๆ ที่ถือเป็นต้นตำรับการนวดและตำรายาไทยซึ่งเป็นต้นตำรับการแพทย์แผนไทยมาจนกระทั่งทุกวันนี้ นอกจากนั้นยังมีความรู้อีกมากมายหลายอย่างที่จารึกไว้จนทำให้วัดโพธิ์นี้ได้ชื่อว่าเป็นมหาวิทยาลัยแห่งแรกของไทย
วัดพระเชตุพนวิมลมังคลารามเดิมเป็นวัดเก่ามีมาตั้งแต่สมัยอยุธยาเรียกชื่อว่า วัดโพธาราม ครั้นเมื่อพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราชทรงสร้างกรุงเทพฯ เป็นราชธานีใน พ.ศ. ๒๓๒๕ แล้ว ได้ทรงบูรณปฏิสังขรณ์วัดนี้ขึ้นใหม่ให้เป็นวัดสำคัญประจำรัชกาลเนื่องจากตั้งอยู่ใกล้พระบรมมหาราชวัง เมื่อบูรณปฏิสังขรณ์เสร็จเรียบร้อยแล้วได้พระราชทานนามวัดว่า วัดพระเชตุพนวิมลมังคลาวาศ และมาเปลี่ยนชื่อเป็นวัดพระเชตุพนวิมลมังคลาราม ในสมัยรัชกาลที่ ๔
การบูรณปฏิสังขรณ์วัดพระเชตุพน ในรัชกาลที่ ๑ นั้นใช้ระยะเวลาในการก่อสร้างนานถึง ๗ ปี ๕ เดือน ๒๘ วัน หลังจากการถมดินบริเวณวัดซึ่งเป็นที่ลุ่มเรียบร้อยแล้วสิ่งก่อสร้างต่าง ๆ ที่เห็นอยู่ในปัจจุบัน ได้แก่ พระอุโบสถ พระระเบียง พระวิหารทิศ วิหารคด ศาลาการเปรียญ พระมหาเจดีย์ศรีสรรเพชดาญาณ พระเจดีย์หย่อม ๒๐ องค์ และพระปรางค์ทิศ ๔ องค์ ล้วนแล้วแต่สร้างขึ้นในสมัยรัชกาลที่ ๑ ทั้งสิ้น ต่อมาในรัชกาลที่ ๓ พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวได้เสด็จพระราชดำเนินมาพระราชทานพระกฐินที่วัดนี้ทอดพระเนตรเห็นสิ่งก่อสร้างต่าง ๆ ทรุดโทรมเป็นอันมากจึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ปฏิสังขรณ์ครั้งใหญ่ เริ่มการปฏิสังขรณ์ใน พ.ศ. ๒๓๗๕ ใช้เวลาบูรณปฏิสังขรณ์นานถึง ๑๖ ปี การบูรณปฏิสังขรณ์มีทั้งการรื้อแก้ไขของเดิม เช่น พระอุโบสถ พระวิหารทิศ ศาลาการเปรียญ และที่สร้างขึ้นใหม่ เช่น พระมณฑป พระวิหารพระพุทธไสยาสน์ พระมหาเจดีย์ ๒ องค์ ขนาบด้านทิศเหนือและทิศใต้ของพระมหาเจดีย์ศรีสรรเพชดาญาณและพระเจดีย์ราย
นอกจากการก่อสร้างอาคารและสิ่งต่าง ๆ แล้ว พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวยังทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้รวบรวมเลือกสรรตำรับตำราต่าง ๆ มาจารึกไว้บนแผ่นศิลาประดับไว้ตามที่ต่าง ๆ ในบริเวณวัดพระเชตุพนเพื่อให้คนทั้งหลายสามารถเรียนรู้ความรู้ต่าง ๆ ที่สนใจจากศิลาจารึกนั้น ความรู้ที่จารึกไว้บนแผ่นศิลาซึ่งรวมเรียกกันในปัจจุบันว่าประชุมจารึกวัดพระเชตุพนแบ่งออกเป็นหมวดต่าง ๆ ดังนี้
๑. หมวดพระพุทธศาสนา
๒. หมวดวรรณคดีร้อยกรองและร้อยแก้ว
๓. หมวดอักษรศาสตร์
๔. หมวดเวชศาสตร์
ในปัจจุบันได้มีผู้คัดลอกจารึกบนแผ่นศิลามารวบรวมพิมพ์ไว้เป็นเล่มเพื่อสะดวกแก่การศึกษาค้นคว้า แต่ผู้ที่ต้องการอ่านจารึกจากแผ่นศิลาจริง ๆ ก็สามารถไปดูได้ที่วัดพระเชตุพน เช่น จารึกในหมวดพระพุทธศาสนาว่าด้วยเรื่องราวของพระสาวกเอตทัคคะ ๔๑ องค์ ติดไว้ที่เชิงผนังหน้าต่างพระอุโบสถ เรื่องอุบาสกเอตทัคคะ ๑๐ คน และอุบาสิกาเอตทัคคะ ๑๐ คน ติดไว้ที่เชิงผนังในพระวิหารพระพุทธไสยาสน์ จารึกในหมวดวรรณคดีร้อยกรองว่าด้วยโคลงภาพเรื่องรามเกียรติ์ติดอยู่ใต้ภาพจำหลักเรื่องรามเกียรติ์ ๑๕๒ ภาพ ที่พนักรอบพระอุโบสถ จารึกในหมวดอักษรศาสตร์ว่าด้วยตำราฉันท์วรรณพฤติ ๕๐ แบบ เพลงยาวกลบทและกลอักษรมีอยู่ที่เสาพระระเบียงรอบพระอุโบสถและจารึกในหมวดเวชศาสตร์ว่าด้วยตำรายาต่าง ๆ ที่มีสรรพคุณแก้โรคทั้งปวงมีรายละเอียดเกี่ยวกับตัวยาและอธิบายลักษณะของโรคอยู่ที่ศาลาราย จารึกวัดพระเชตุพนนับเป็นแหล่งรวมวิชาต่าง ๆ ที่คนทั่วไปในสมัยก่อนสามารถศึกษาได้หากมีความสนใจ แม้ในปัจจุบันความรู้บางอย่างก็ยังคงเป็นที่สนใจและนำมาใช้ประโยชน์ได้ เช่น ความรู้เกี่ยวกับตำรายาไทยซึ่งเป็นที่มาของการแพทย์แผนโบราณและความรู้เกี่ยวกับท่าของฤาษีดัดตนซึ่งเป็นต้นตำรับของการนวดของไทย