ป่าชายเลนในบริเวณอ่าวไทยส่วนมากอยู่ในสภาพที่เสื่อมโทรมโดยเฉพาะบริเวณจังหวัดสมุทรปราการ สมุทรสาคร และสมุทรสงคราม การเสื่อมสภาพของป่าชายเลนในบริเวณนี้เป็นสาเหตุสำคัญอย่างหนึ่งที่ทำให้ผลผลิตการประมงตามธรรมชาติลดลงและเกิดปัญหามลพิษ ป่าชายเลนในบริเวณปากแม่น้ำท่าจีน จังหวัดสมุทรสาคร ส่วนใหญ่อยู่ในสภาพเสื่อมโทรมและเหลือเป็นแนวแคบ ๆ มีพรรณไม้เด่นเพียง ๒ ชนิดคือ แสมขาวและแสมทะเล พื้นที่ป่าชายเลนที่เหลืออยู่มีเพียงร้อยละ ๑๐ ของพื้นที่ป่าชายเลนที่เคยมีอยู่ในอดีต แต่อย่างไรก็ตามบริเวณนี้ก็ยังเป็นแหล่งที่อยู่อาศัยและแหล่งอาหารสำหรับสัตว์น้ำหลายชนิดโดยเฉพาะกุ้งแชบ๊วย กุ้งกะต่อม กุ้งตะกาด กุ้งหัวมัน และพวกเคย ส่วนปลาทะเลพบทั้งสิ้น ๗๗ ชนิด ถึงแม้ว่าความหลากหลายและปริมาณของสัตว์ทะเลหน้าดิน ที่พบในป่าชายเลนบริเวณนี้ค่อนข้างต่ำกว่าที่พบในบริเวณอื่นก็ตาม แต่ก็พบว่าการฟื้นฟูและปลูกป่าชายเลนในบริเวณนี้มีผลต่อความอุดมสมบูรณ์ของสัตว์ทะเลหน้าดินในบริเวณนี้ซึ่งส่งผลกระทบต่อผลผลิตประมงชายฝั่งในที่สุด
พื้นที่ป่าชายเลนในอีกจังหวัดที่อยู่ติดกับจังหวัดสมุทรสาครคือ จังหวัดสมุทรสงคราม พื้นที่ป่าชายเลนในจังหวัดสมุทรสงครามได้ผ่านการเปลี่ยนแปลงช่วงสำคัญมา ๓ ช่วง คือ
ช่วงแรกก่อน พ.ศ. ๒๕๐๐ เป็นสภาพป่าชายเลนธรรมชาติที่อุดมสมบูรณ์จัดเป็นป่าสงวนแห่งชาติ
ช่วงที่ ๒ นับตั้งแต่พ.ศ. ๒๕๑๘ - พ.ศ. ๒๕๓๓ จัดเป็นช่วงที่มีการเปลี่ยนแปลงของสภาพป่าชายเลนมากที่สุดโดยเฉพาะการทำนากุ้งที่ทำให้เกิดการเสื่อมสภาพของป่าชายเลนในบริเวณนี้
ช่วงที่ ๓ เป็นช่วงของการฟื้นฟูและการปลูกป่าชายเลนที่เริ่มดำเนินการอย่างจริงจังตั้งแต่ พ.ศ. ๒๕๓๓ จนถึงปัจจุบันพบว่ามีแพลงก์ตอนสัตว์รวมทั้งสิ้น ๒๗ กลุ่มจากไฟลัมโดยโคพิปอดซึ่งเป็นพวกที่ดำรงชีพเป็นแพลงก์ตอนอย่างถาวรจะมีปริมาณมากและพบได้บ่อย โคพิปอดเหล่านี้จะเป็นอาหารที่ดีสำหรับแพลงก์ตอนสัตว์ขนาดใหญ่และสัตว์ทะเลที่มีการกินแบบกรองอาหารจากน้ำ นอกจากนี้ยังมีพวกตัวอ่อนของสัตว์ทะเลหน้าดิน เช่น หอย ปู กุ้ง และไส้เดือนทะเล เป็นต้น พบปลาวัยอ่อนในบริเวณนี้รวมทั้งหมด ๑๕ ครอบครัว ซึ่งทำให้สรุปได้ว่าบริเวณป่าชายเลนจังหวัดสมุทรสงคราม เป็นแหล่งเลี้ยงตัวอ่อนของปลาทะเลหลายชนิดและได้พบสัตว์ทะเลหน้าดินรวมทั้งสิ้น ๑๒๒ ชนิด ซึ่งส่วนใหญ่เป็นหอยฝาเดียว หอยสองฝา ไส้เดือนทะเล ปูชนิดต่าง ๆ และแมลง จึงจัดได้ว่าบริเวณนี้เป็นบริเวณที่มีความอุดมสมบูรณ์มากแห่งหนึ่ง