ภายหลังการเก็บเกี่ยว องค์ประกอบ รสชาติ และคุณค่าทางอาหาร ของผักและผลไม้ มักเปลี่ยนแปลงไปในทางที่ทำให้คุณภาพลดลง ดังนี้
ภายหลังการเก็บเกี่ยวปริมาณน้ำตาลอาจเพิ่มขึ้นหรือลดลงแล้วแต่ชนิดของผลิตผลและสภาพแวดล้อม ผลิตผลที่มีการหายใจตลอดเวลาจะใช้น้ำตาลเป็นแหล่งอาหารหรือพลังงานทำให้ปริมาณน้ำตาลที่สะสมอยู่ลดลง ผลิตผลที่มีน้ำตาลน้อย เช่น หน่อไม้ ข้าวโพดฝักอ่อน เมื่อเก็บเกี่ยวแล้วไม่เก็บไว้ในที่เย็นน้ำตาลจะหมดไปอย่างรวดเร็วทำให้มีรสจืด นอกจากนั้นน้ำตาลยังอาจเปลี่ยนไปอยู่ในรูปอื่น เช่น เปลี่ยนเป็นแป้งในข้าวโพดหวานหรือถั่วลันเตาทำให้มีรสจืด เช่นกันในผลไม้ที่สะสมอาหารในรูปของแป้ง เช่น กล้วย มะม่วง ทุเรียน เมื่อผลไม้เหล่านี้สุกแป้งจะถูกเปลี่ยนไปเป็นน้ำตาล ทำให้มีรสหวานขึ้นในขณะที่ผลไม้บางชนิดซึ่งสะสมอาหารในรูปของน้ำตาลและกรดอินทรีย์ เช่น ส้มและสับปะรด จะมีรสหวานขึ้น เนื่องจากปริมาณกรดลดลง
โดยทั่วไปผลิตผลพืชสวนมีสารประเภทไขมันอยู่น้อยมากไม่เกินร้อยละ ๐.๑ ยกเว้นในผลไม้บางชนิด เช่น ทุเรียน และเมล็ดเคี้ยวมันต่าง ๆ ไขมันในผลิตผลมีอยู่ใน ๓ รูปแบบ ได้แก่ ไขมันในรูปอาหารสะสม ไขมันในรูปสารปกคลุมผิว และไขมันในเยื่อหุ้ม
แม้ว่าโปรตีนในผักและผลไม้จะมีปริมาณน้อย แต่ก็มีผลต่อการเปลี่ยนแปลงต่าง ๆ ของผักและผลไม้ ภายหลังการเก็บเกี่ยวกล่าวคือเป็นเอนไซม์ที่ช่วยเร่งการเปลี่ยนแป้งเป็นน้ำตาล การเปลี่ยนสี และการย่อยสลายตัวของผนังเซลล์ที่ทำให้ผลไม้อ่อนนุ่มลง อย่างไรก็ดีการทำงานของเอนไซม์หรือโปรตีนเหล่านี้ขึ้นอยู่กับยีน (gene) ดังนั้นการตัดต่อยีนเพื่อเปลี่ยนแปลงการทำงานของเอนไซม์จึงเริ่มเข้ามามีบทบาทในการเก็บรักษาผักและผลไม้
กรดที่พบมากในผักและผลไม้คือ กรดซิตริกซึ่งพบมากในผลไม้จำพวกส้ม ฝรั่ง ทับทิม สตรอว์เบอร์รีสับปะรด และกรดมาลิก (malic) ซึ่งพบมากในกล้วย มะม่วง และองุ่น ผลไม้อ่อนจะมีปริมาณกรดมากทำให้มีรสเปรี้ยวซึ่งไม่เหมาะสำหรับการบริโภค แต่เชื้อโรคเข้าทำลายได้ยากเมื่อผลไม้สุกปริมาณกรดมักลดต่ำลงทำให้รสชาติดีขึ้นจึงเหมาะที่จะบริโภค ในขณะเดียวกันเชื้อโรคก็เข้าทำลายได้ง่ายขึ้นด้วย
ผักและผลไม้เป็นแหล่งวิตามินเอและซีที่สำคัญต่อมนุษย์ วิตามินเอส่วนใหญ่อยู่ในรูปแบบของแคโรทีนซึ่งเป็นสารสีและไม่ค่อยมีการเปลี่ยนแปลงมากนักภายหลังการเก็บเกี่ยว ส่วนวิตามินซีในผักกินใบและช่อดอกมีการสูญเสียค่อนข้างมากแต่ในผลไม้จะไม่สูญเสียมากนัก
ภายหลังการเก็บเกี่ยวผักและผลไม้มักมีการเปลี่ยนสีเกิดขึ้นโดยเฉพาะสีเขียวจะหายไปปรากฏสีเหลืองหรือสีแดงขึ้นมาแทน สารสีที่พบอยู่ในพืชแบ่งได้เป็น ๒ กลุ่ม คือ กลุ่มที่ละลายในไขมัน เช่น สารสีเขียวของคลอโรฟิลล์ สารสีเหลืองของแคโรทีน สารสีแดงของไลโคพีน และกลุ่มที่ละลายในน้ำ ได้แก่ แอนโทไซยานิน
ผลิตผลบางชนิดเมื่อเก็บเกี่ยวมาแล้วยังมีการพัฒนาอย่างเห็นได้ชัด เช่น การงอกของมันฝรั่ง หอม กระเทียม เนื่องจากมีความชื้นสูงจึงต้องเก็บรักษาในที่ที่มีความชื้นค่อนข้างต่ำซึ่งต่างจากผลิตผลชนิดอื่น ในผลิตผลบางชนิด เช่น เยอบีรา และหน่อไม้ฝรั่ง มีการตอบสนองต่อแสงและแรงโน้มถ่วงของโลกโดยเกิดการโค้งงอขึ้นเมื่อวางในแนวราบ การเก็บรักษาจึงต้องจัดวางในแนวตั้งเสมอ