มีคนไข้หญิงสองพี่น้องจากเมืองมินามาตะ ซึ่งเป็นเมืองประมงอยู่ในจังหวัดคุมาโมโตะ (Kumamoto) บนเกาะคิวชู เกิดอาการเหมือนคนป่วยสมองอักเสบ (Encephalitis) ที่ไม่สามารถหาสาเหตุได้ นายแพทย์ "ฮาจิเมะ โฮโซคาวา" ผูอํานวยการโรงพยาบาลชิสโสะในขณะนั้น ไดจัดทํารายงานถึงสํานักงานสาธารณสุขของเมืองมินามาตะเมื่อวันที่ 1 พฤษภาคม วา “เกิดโรคระบาดที่ไมทราบชื่อขึ้นชนิดหนึ่ง ซึ่งมีอาการตอระบบประสาทสวนกลาง” ต่อมาได้เรียกโรคนี้ว่า "โรคมินามาตะ" ซึ่งมาจากชื่อเมืองที่พบการเกิดโรคนี้เป็นครั้งแรก และในเวลาตอมาจึงถือให้วันที่ 1 พฤษภาคม ปี 1956 เปนวันที่คนพบโรคมินามาตะอยางเปนทางการ
ผู้ป่วยโรคนี้หากเป็นทารกแรกเกิด จะมีสภาวะพิกลพิการ ส่วนผู้ใหญ่นั้นจะมีอาการชักสั่น ควบคุมการเคลื่อนไหวไม่ได้ วิกลจริต เมื่อแพทย์ชำแหละสมองของผู้ที่เสียชีวิตด้วยโรคมินามาตะ จะพบว่าสมองของผู้ป่วยนั้นมีลักษณะพรุนเหมือนฟองน้ำ โดยส่วนที่เนื้อสมองได้หายไปก็คือส่วนที่ถูกทำลายด้วยสารปรอทนั่นเอง ผู้ที่ป่วยด้วยโรคมินามาตะ ก็คือผู้ที่ป่วยจากการที่สมองถูกทำลาย เมื่อมีอาการแล้วย่อมไม่มีทางจะรักษา เพียงแค่ประคองไว้ หรือไม่ก็เสียชีวิตลง
ในตอนแรกโรงพยาบาลชิสโสะ ได้ระดมแพทย์และผู้เชี่ยวชาญมาช่วยกันค้นหาสาเหตุของอาการป่วยที่แปลกประหลาดนี้อยู่นาน แต่ก็ยังไม่สามารถหาต้นตอของปัญหาได้ แถมยังมีผู้ป่วยเพิ่มมากขึ้นเรื่อย ๆ ทางโรงพยาบาลจึงมีการขอความช่วยเหลือไปยังคณะแพทยศาสตร์มหาวิทยาลัยคุมาโมโตะให้ช่วยทำการวิจัยค้นหาสาเหตุของโรคประหลาดนี้ โดยใช้เวลาถึง 3 ปี กลุมแพทยจากมหาวิทยาลัยคุมาโมโตะจึงต้นพบสาเหตุ และไดให้คำอธิบายวาอาการเหล่านี้เปนโรคที่เกิดจาก methyl mercury อันเปนสารประกอบอินทรียของปรอทที่ปนเปอนอยูในน้ำเสียจากโรงงานของบริษัทชิสโสะ ซึ่งเป็นโรงงานผลิตปุ๋ยที่เปิดกิจการขึ้นตั้งแต่ปี 1908 และต่อมาก็พัฒนาขึ้นเป็นโรงงานผลิตสารเคมีใหญ่โต โดยโรงงานแห่งนี้ได้ระบายน้ำเสียจากอุตสากรรมการผลิตสารเคมีลงสูอาว ทำให้มีสารพิษเจือปนในแหล่งน้ำ โดยพบปริมาณปรอทที่สูงไดตลอดชายทะเลชิรานุยโดยเฉพาะในเขตมินามาตะ สารพิษเหลานั้นไดเขาไปสะสมอยูในตัวปลาและหอยที่ชาวประมงจับขึ้นมาขายและรับประทาน จนส่งผลกระทบอย่างรุนแรงต่อร่างกายของผู้บริโภค เป็นเหตุของอาการผิดปกติต่าง ๆ ในผู้ป่วยโรคนี้
ภาคประชาชนรวมถึงผู้เสียหาย 138 คน ได้ทำเรื่องฟ้องร้องบริษัทชิสโสะต่อศาลจังหวัดคุมาโมโตะในปี 1968 ซึ่งต่อมาในปี 1973 ศาลได้ตัดสินให้บริษัทต้องจ่ายค่าเสียหายให้ชาวเมืองราว 158 ล้านบาท (การจ่ายค่าเสียหายนี้ยังคงดำเนินเรื่อยมาจนถึงปัจจุบัน) คดีนี้กลายเป็นที่รู้จักไปทั่วโลก ถูกกล่าวถึงในฐานะคดีที่เป็นชัยชนะขั้นสูงสุดของชาวบ้านคนธรรมดา ถือเป็นกรณีศึกษาให้กับชาติอื่น ๆ แล้วยังส่งผลให้รัฐบาลญี่ปุ่นกำหนดกฎหมายใหม่ออกมาเพื่อควบคุมขั้นตอนการผลิตของโรงงานอุตสาหกรรมให้มีการใช้ส่วนผสมของสารเคมีที่เป็นพิษในอัตราที่จำกัดอีกด้วย