ผิวหนังและเกล็ดปกคลุมร่างกาย
ปลามีผิวหนังเรียบอ่อนนุ่มคลุมตลอดลำตัว และมีต่อมขับเมือกโดยทั่วไป เมือกที่ขับออกมามีประโยชน์ ช่วยทำให้การเสียดสี และความฝืดลดลงในขณะที่ปลาว่ายน้ำ ปลาบางจำพวก เช่น ปลาไหลนา ปลากด ปลาแขยง และปลาดุก เป็นปลาที่ไม่มีเกล็ดปกคลุม จึงมีเมือกมาก แต่ปลา ส่วนใหญ่มีเกล็ดปกคลุมทั่วตัว
เกล็ดของปลามีหลายแบบด้วยกัน ในปลาจำพวกปลากระดูกอ่อน เช่น ฉลามและกระเบน ถ้าเราเอามือลูบจากทางหางไปส่วนหัว จะรู้สึกสากๆ ที่ทำให้รู้สึกสาก เพราะมือเราสัมผัสกับเกล็ด เล็กๆ ที่ปกคลุมรอบตัว เกล็ดของปลาดังกล่าวเป็นเกล็ดแบบแพลคอยด์ (placoid scales) ซึ่งมี ลักษณะคล้ายฟัน (ฟันของปลาฉลามก็คือส่วนที่เปลี่ยนแปลงมาจากเกล็ดนั่นเอง) เกล็ดแบบนี้ มีปลายเป็นหนามยื่นไปทางท้าย
ปลาน้ำจืดจำพวกการ์ (gars) ในทวีปอเมริกาเหนือ มีเกล็ดหนาๆ เรียงติดกันแต่ไม่ซ้อนกัน เกล็ดเหล่านี้มีสารเคมีจำพวกแกโนอีน (ganoine) อยู่ด้วย เราจึงเรียกเกล็ดชนิดนี้ว่าแกนอยด์ (ganoid scales) ในปลาโบราณบางชนิดซึ่งพบกลายเป็นซากติดอยู่ในหิน หรือเรียกว่า ซากดึกดำบรรพ์ (fossil) เป็นปลาจำพวกที่มีอวัยวะคล้ายปอดสำหรับหายใจ มีเกล็ดพิเศษปกคลุมร่างกายเรียกว่า คอสมอยด์ (cosmoid scales) มีลักษณะคล้ายเกล็ดแกนอยด์ แต่สารเคมีที่อยู่ในเกล็ดเป็นจำพวกคอสมีน (cosmine)
ปลาส่วนใหญ่ในปัจจุบัน นอกจากปลาจำพวกฉลาม และกระเบน มีเกล็ดแบบไซคลอยด์ (cycloid) และทีนอยด์ (ctenoid) แล้ว ยังมีปลากระดูกแข็ง (Teleosts) ที่มีโครงครีบเป็นก้านอ่อน เช่น ปลาหลังเขียว (Sardinella spp.) ปลานวลจันทร์ทะเล (Chanos chanos) และปลาตะเพียน (carps) มีเกล็ดแบบไซคลอยด์ ซึ่งถ้าเรานำมาตรวจดูโดยแว่นขยายจะเห็นรอยบนเกล็ดปรากฏเป็นวงๆ ได้ชัด เจน วงเหล่านี้เราเรียกว่า "เซอร์คูไล" (circuli) สำหรับปลาที่อยู่ในเขตร้อนและเขตหนาว ระยะระหว่างวงแต่ละวง จะเห็นชัดเจนไม่เหมือนกัน ในหนึ่งรอบปีของอายุของปลา วงเหล่านี้บนเกล็ด อาจจะอยู่ชิดกันตอนหนึ่ง และอีกตอนหนึ่งห่างกัน ทำให้เกิดเห็นเป็นวงปี (annuli) ขึ้นบนเกล็ด ทั้งนี้ เพราะการเจริญเติบโตของปลาในเขตหนาวส่วนใหญ่ มีการเจริญเติบโตดี เฉพาะในฤดูที่มีอาหารการกิน อุดมสมบูรณ์ คือในฤดูใบไม้ผลิเท่านั้น นักชีวประมงจึงใช้ประโยชน์จากเกล็ด ในการทำนายอายุของปลาได้
ปลากระดูกแข็งที่มีโครงครีบเป็นหนาม (spines) ส่วนใหญ่มีเกล็ดแบบทีนอยด์ หรือ ไซคลอยด์ เกล็ดทีนอยด์เป็นเกล็ดคล้ายเกล็ดไซคลอยด์ แต่ตรงขอบท้ายเกล็ดที่มองเห็นจากภาย นอกมีหนามเล็กแหลมอยู่ทั่วไป ตัวอย่างปลา ที่มีเกล็ดแบบทีนอยด์ ได้แก่ ปลากะพง (Lutianus spp.) ในทะเล และปลาเสือ (Toxotes chatarcus) ตามแม่น้ำในภาคกลาง ของประเทศไทย เฉพาะ ปลาชนิดหลังมีวิธีการหาอาหารแปลกกว่าปลาทั้งหมดเพราะมีความไวและสายตาดี จึงสามารถใช้ปากพ่นน้ำให้ถูกตัวแมลงที่เกาะอยู่สูงถึง ๑.๕๐ เมตร จากผิวน้ำร่วงลงน้ำแล้วกินได้
เกล็ดของปลากระดูกแข็งทั้งหลายไม่ได้เรียงกันเหมือนปลาฉลาม แต่ซ้อนกันแบบเราเอากระเบื้องมุงหลังคาบ้าน
ในปลาบางจำพวกอาจจะมีการเปลี่ยนแปลงของเกล็ด เช่น เชื่อมติดกันเป็นแผ่นห่อหุ้มตัวปลา พบในปลาข้างใส (Centriscus spp.) หรือปลาเขาวัว ส่วนปลาปักเป้าเกล็ดจะเปลี่ยนเป็นหนามแหลม
ปลาบางจำพวก เช่น ปลากระเบน ปลาดุกทะเล หรือปลาหัวโขนบริเวณผิวหนังบางส่วนจะ มีต่อมขับสารมีพิษ ต่อมเหล่านี้โดยมากจะอยู่ใกล้กับโคนก้านครีบแข็งหรือเงี่ยง ถ้าอวัยวะเหล่านี้ ทิ่มตำเข้า พิษจะถูกขับเข้าสู่แผล จะทำให้เกิดความเจ็บปวด อาจเกิดเป็นแผลเน่า และมีอันตรายถึงตายได้
ปลาที่อาศัยอยู่ในที่ลึกในมหาสมุทร มีหลายชนิดที่มีอวัยวะเรือง แสงอยู่บนลำตัวหรือหัว อวัยวะเหล่านี้มีประโยชน์แก่ปลา เพราะทำหน้าที่ล่อเหยื่อให้เข้ามาหา ช่วยในการมองเห็น ช่วย ป้องกันศัตรู และช่วยในการรวมกลุ่ม ต่อมเรืองแสงเป็นอวัยวะพิเศษ ที่มีการเปลี่ยนแปลง โดยวิวัฒนาการมาจากต่อมขับเมือก ซึ่งอาจเป็นแสงที่ปลาทำขึ้นเอง หรือมาจากสิ่งมีชีวิตอื่นก็ได้