ข้อจำกัดของหนังสืออิเล็กทรอนิกส์ (ทิพย์มณฑา สดชื่น. 2544 : 19) ได้สรุปไว้ ดังนี้
1. คนไทยส่วนใหญ่ยังคงชินอยู่กับสื่อที่อยู่ในรูปกระดาษมากกว่า
2. หากโปรแกรมสื่อมีขนาดไฟล์ใหญ่มากๆ จะทำให้การเปลี่ยนหน้าจอมีความล่าช้า
3. การสร้างหนังสืออิเล็กทรอนิกส์เพื่อให้ได้ประสิทธิภาพที่ดีนั้น ผู้สร้างต้องมีความรู้และความชำนาญในการใช้โปรแกรมคอมพิวเตอร์ และการสร้างสื่อดีพอสมควร
4. ผู้ใช้สื่ออาจจะไม่ใช่ผู้สร้างสื่อ ฉะนั้นการปรับปรุงสื่อจึงทำได้ยาก หากผู้สอนไม่มีความรู้ด้านโปรแกรมคอมพิวเตอร์
5. ใช้เวลาในการออกแบบมาก เพราะต้องใช้ทักษะในการออกแบบเป็นอย่างดี เพื่อให้ได้สื่อที่มีคุณภาพ
ประโยชน์ของหนังสืออิเล็กทรอนิกส์
1. ช่วยให้นักเรียนสามารถย้อนกลับเพื่อทบทวนบทเรียนหากไม่เข้าใจ และสามารถ เลือกเรียนได้ตามเวลาและสถานที่ที่ตนเองสะดวก
2. ช่วยให้การเรียนมีประสิทธิภาพและประสิทธิผล มีประสิทธิภาพในงานที่ละเวลาลดค่าใช้จ่าย สนองความต้องการและความสามารถของบุคคล มีประสิทธิผลในแง่ที่ทำให้นักเรียนบรรลุจุดมุ่งหมาย (วารินทร์ รัศมีพรหม. 2542 : 437 - 438)
3. สามารถแสดงข้อความ ภาพนิ่ง ภาพเคลื่อนไหว และเสียงได้พร้อมกัน หรือจะเลือกให้แสดงเพียงอย่างใดอย่างหนึ่งก็ได้ (ครรชิต มาลัยวงศ์. 2540 : 44)
4. แล้วเรียกมาใช้ร่วมกันได้ โดยการ เชื่อมโยงข้อมูลจากสื่อต่างๆ ที่อยู่คนละที่เข้าด้วยกัน (ศรันย์ ไมตรีเวช. 2540 : 273)
5. นักเรียนสามารถบูรณาการการเรียนการสอนในวิชาต่าง ๆ เข้าด้วยกัน ได้อย่างเกี่ยวเนื่องและมีความหมาย (ถนอมพร เลาหจรัสแสง. 2541 : 9)
แหล่งที่มา / รายงานผลการใช้หนังสืออิเล็กทรอนิกส์ รายวิชา ง 31102 คอมพิวเตอร์ เรื่อง การใช้โปรแกรม Microsoft Word เพื่อพัฒนาผลสัมฤทธิ์ทางการเรียน ของนักเรียนระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1